当李自成还是高迎祥部下的闯将时，闯王高迎祥大败于洪承畴指挥的一次大战中，他本人俘虏，并被送往京城处死。俘虏他的认证时洪承畴手下孙传庭。李自成成为闯王后，在与洪承畴的陕西潼关南原一战中，全军覆灭，李自成仅仅带领十八骑逃进商洛山中。恰在此时，皇太极发动了针对大明朝的军事行动。假如崇祯皇帝多一点点政治谋略和战略头脑，不是急吼吼地将洪承畴和孙传庭调去对付皇太极的话，李自成可能就再也没有翻身的机会了。他可能会死在商洛山中，而不是后来的九宫山。
洪承畴担任大明帝国陕西三边总督时，曾经专门负责平息关中地区的农民暴动，孙传庭是他极为得力的部下。孙传庭有大才干，治军严整，作战作风凶悍而富有谋略，在与暴动农民的周旋中，屡立大功。高迎祥死在他的手里，李自成也大败在他手下，一大批农民军首领都曾经吃过他的大苦头。他没有打过败仗。《明史》作者认为他“沈毅多筹略”，认为他是最有可能成为大明帝国末年挽狂澜于既倒的人物。可惜，他不会察言观色、投人所好。
在他屡立大功的同一时间，崇祯皇帝特别着迷地宠信上了杨嗣昌，几乎给了他一人之下万人之上处理军机大事的全权。偏偏孙传庭无法苟同他的诸多决策，并上书皇帝申诉自己的看法，导致杨嗣昌切齿痛恨之。潼关南原战后，李自成全军覆灭，只有十八骑随他逃遁到商洛山中。就在孙传庭和洪承畴准备彻底搜剿商洛山时，皇帝急急忙忙地命二人率部进京，前去保卫京畿并对付皇太极。就此，李自成获得了一线生机，而孙传庭则掉进了无边的噩梦之中。
孙传庭接到崇祯皇帝的调令，任命他为兵部右侍郎兼右佥都御史，赐尚方剑，代刚刚战死的总督卢象升对抗入侵清兵。当此时，孙传庭带兵来到了北京郊外。杨嗣昌和深受皇帝喜爱的大太监高起潜不愿意孙传庭见到皇帝，二人找了许多理由，证明孙传庭十分招人讨厌，说服皇帝下旨“切责”——痛斥孙传庭，并以京师戒严为名，不许他进京朝见。崇祯帝听信谗言，下令撤销孙传庭的一切职务，废为平民，后来索性把孙传庭抓进了监狱。
此后，孙传庭在监狱里一待就是三年。三年间，杨嗣昌一败涂地，孙传庭曾经作过的预言成为现实，而且是所有的可能中最糟的那一种——陕西精兵离开山陕地区之后，李自成得以东山再起。崇祯皇帝又一次想起了孙传庭，于是，把他从监狱里放出来，让他再立新功。三年时间，天下已经变成了另外一副模样，李自成和张献忠已然成了气候，在皇帝的逼迫下，孙传庭稀里糊涂地死在了战场上。