同治十一年，两宫皇太后开始为同治皇帝选后。
清代满族盛行早婚，男孩一般在十岁到十四岁就已经结婚。同治皇帝早就该大婚了，贵为天子的同治皇帝的婚事何以拖到这么晚呢？理由很明显，中国传统成，“成家”与“立业”并举，同治皇帝一旦成婚，就是大人了，就可以亲政了。慈禧已经把持朝政十一年，这十一年里她确立了自己的权威。如果失去手中的权力，真比要了慈禧的命还让她难受。所以同治皇帝大婚一拖再拖，但是皇上年龄到了，就该选皇后了。
经过反复的筛选，剩下四个候选人，两宫皇太后都有了自己中意的人。慈禧看中了员外郎凤秀的女儿富察氏，长得格外端庄秀丽，而且聪明伶俐，性格柔顺，只是欠些威仪，但让慈禧中意的是富察氏比较听话。如果立她为后，慈禧皇太后的地位不仅在后宫，而且在朝堂也不会动摇。慈安太后则中意于赛尚阿的孙女，蒙古状元崇绮的女儿阿鲁特氏。阿鲁特氏出身状元之家，书香门第，自幼受到良好教育，有德有才，稳重端庄，很有皇后的威严，且比同治皇帝大两岁，可以事事教导同治皇帝。虽然容貌差了一些，但高贵的气质是谁也比不上的。两宫太后把自己的意思透露给了同治皇帝，都想让同治皇帝选自己中意的姑娘。
同治皇帝也知道这是大事，自己也有主意。找皇后重要是德行，皇后母仪天下，没有德行怎么能行呢！不能找比自己还没有主意的小姑娘，将来自己一人掌管天下，后宫的事也不能乱。所以他听完两位太后的意见后，心里也拿定了主意。
第二天，正式选的日子到了，两位阿鲁特氏，一位富察氏和一位赫舍里氏。刚好是一后一妃二嫔。问题关键是4人座次怎么排？皇上到底把代表选皇后的玉如意交给谁？同治皇帝拿起玉如意，望着4个国色天香的八旗名媛，正当他鼓起勇气要递出玉如意时，慈禧怕儿子的选择不遂她意，特地关照了几句：“皇上，立后可是大事，你可想明白了，这4位姑娘，凤秀的女儿是满洲八旗世家，乾隆爷当年立的就是富察家的女儿，崇绮女儿长相一般，大你两岁，仅是蒙古世家，自康熙爷到现在二百多年，大清国还没出过蒙古皇后，你可想好了！”慈溪话里的意思谁都明白，同治皇帝感到紧张了，口干舌燥，就传唤献茶，太监送茶来，他唑了一口，忽然有了一个主意，一下子把茶水泼在地上。然后，让凤秀之女和崇绮女儿从这泼了茶水的地上走过。
凤秀之女爱美，爱干净，她提起漂亮的皮袍，低着头看着地上的水，小心翼翼的从茶水上走过去，崇绮之女想的不是衣服干净与否，而是想在皇上和两宫皇太后面前绝不能失了礼仪。只见她像平常走路一样，迈着端庄稳健的步子，缓缓从茶水上走过。
同治皇帝看见两个女孩不同的表现，转身对两宫太后：“提衣服的爱衣，不提衣服的知礼。选后取德，选妃取貌。儿愿立崇绮之女为后。”
慈禧见此，左额头的青筋不觉得猛烈的跳动，头一阵阵发昏，一连几天慈禧总觉得胸里憋了一口气，吐也吐不出，咽又咽不下，弄得非常不舒服，怎么想怎么委屈、难受。同治帝这一次违抗母命，不仅给自己婚姻蒙上了阴影，而且给贤淑端庄的阿鲁特氏带来巨大的灾难。
同治皇帝大婚，是十一年秋间的事。大婚的盛典十分隆重。大婚之后，同治皇帝见皇后气度端凝，不苟言笑，对她始终十分敬重。皇后知书达理，非常敬慕唐太宗的长孙皇后和明太祖的马皇后，经常规劝同治帝，让他用心读书。同治皇帝每当宫中无事的时候，也经常举出唐诗问皇后，皇后都能背诵如流，同治皇帝非常高兴，慈安太后对此也十分的高兴。只有慈禧太后一看到皇上和皇后在一起就生气。她对同治皇帝说：“慧妃贤明，宜家眷遇。皇后年少，未娴礼节，皇帝毋辄至宫中，致妨政务。”她还暗地派太监监视同治皇帝的行动。
大婚刚刚半年，慈禧几次斥责阿鲁特氏皇后，说她不懂规矩，应抽出时间专门学习宫中仪制，实际是想把皇后和皇帝分开。同治皇帝曾竭力为皇后辩解，这使得慈禧太后反倒更加生气。下令中断同治皇帝和皇后接触，如要妃嫔伺候，就到慧妃哪里去。同治帝虽然表面上对其母亲皇太后的训令唯唯遵命，但内心却充满了怨恨。他把满腹的怨恨全部迁怒到慧妃身上，偏不到她宫里去。赌气之下，同治皇帝由养心殿搬到乾清宫西暖阁去独宿。
自此以后，皇后阿特鲁氏独栖宫中，空房寂寂。后来同治皇帝病重，阿鲁特氏前去探望，还被慈禧责罚。婆媳之间愈加不和，慈禧为了满足自己的权欲，终于逼死了阿鲁特氏。