近十余年来，我从科学思想史的视角，对古希腊文化和近代科学的关系、近代科学未能在中国诞生和中国近代科学落后等问题还发表过一些看法，这在国内学术界引起不小的争论。
谈到这件事，要从我的《科学史八讲》中的《孔子与科学》这篇文章讲起。《科学史八讲》收录了我1990 年到台湾地区访问时带去的8 篇讲稿。《孔子与科学》一文以《论语》中所引孔子的言论为根据，通过对孔子思想的系统分析，认为孔子的言行对科学的发展并无妨碍作用，近代科学未能在中国产生和中国近代科学之所以落后，要从当时的政治、经济等方面找原因，不能归罪于2000 多年前的孔子。在这篇文章的结论部分，我还提出：
孔子的言行对科学的发展不但无害，而且是有益的。13 世纪以前，中国科学技术在世界上的领先地位是由多种原因造成的，孔子思想中的这些有益成分也是其中之一。近300 年来的落后，是这段时期内政治、经济、文化诸因素造成的，不能归因于2400 年前的孔子。再说得广一点，近代科学在欧洲兴起，和他们有希腊文化没有多大关系；中国近代科学落后，并不是因为中国有孔子。
1994 年这本书出版后，卞毓麟于1996 年1 月14 日在《科技日报》发表书评，说他见到书后“格外感觉兴味盎然”。在书评结尾，他说：“《八讲》深入浅出，行文明白晓畅，给台湾学者和公众留下深刻的印象。当地传媒称先生阐述科学史是‘沟通人文与科学，观照历史与未来’，此说殊不为过。”
吴文俊院士看到卞毓麟的书评，就跟我要《科学史八讲》这本书，并仔细地阅读了《孔子与科学》一文。看后，他给我写了一封信。大致意思是说：他原来对孔子也持批判态度，并确信孔子的思想对中国科学发展起阻碍作用。但看过这篇文章就同意了我的观点，认为孔子的思想对中国科学发展没有什么妨碍。而且，他说该文的结论部分恐怕比孔子与科学的关系这部分更重要；现在人们普遍崇拜希腊，希望你能写成一篇文章，在《光明日报》或《科学》杂志发表。因此，1996 年我以对话的体裁分别在这两个刊物发表了《古希腊文化与近代科学的诞生》和《关于“李约瑟难题”和近代科学源于希腊的对话》。在这两篇文章中，我的主要观点是：近代中国科学不发达，不能把原因归罪到孔子和孟子身上。近代科学产生于欧洲，也不完全跟希腊文化有关系。如果没有希腊文化，欧洲到文艺复兴后也能产生近代科学。
我提出这个观点后，很多人都不同意。2000 年5 月24 日，《中华读书报》以红色特大标题《席先生，我不能同意您》刊出北京大学刘华杰的文章，对《关于“李约瑟难题”和近代科学源于希腊的对话》进行辩论。半年后，李申发表了《我赞同席先生——古希腊文化与近代科学关系问题》，对刘华杰做出回应，说自己持有和我大体相同的意见。我想刘华杰可能没有读懂我的文章，他本人也不一定用这个标题。
这次争论平息以后，2004 年11 月19 日我接受了《科技中国》记者张伯玲的采访，主要谈了传统文化与科学发展问题。张伯玲采访我，是由于不久前杨振宁提出了《易经》影响中国科学发展的观点，想了解我对这个观点的看法。在这次采访中，我还是认为近代科学与传统文化没有太大的关系；《易经》对中国科学发展也有负面作用，但杨振宁过分夸大了这个影响。同时，我强调说：
近代科学产生在欧洲并得到迅速的发展是当时当地的条件决定的，不必到1400 多年以前的希腊去找原因。自16 世纪以来，中国科学开始落后，也要从当时当地去找原因，不必一直追着孔子、孟子。
这次访谈在《科技中国》当年12 月号发表后，影响很大。2004 年12 月30 日，上海大学教授朱学勤在《南方周末》发表长文《2004：传统文化思潮激起波澜》，对这一年的文化事件做了盘点，说杨振宁的初衷，“显然是在追索学术史上人人皆知的‘李约瑟问题’，却落入‘五四’以来的文化决定论：此前的西化论者仅仅把民族病弱的责任推及至孔孟之道，而他走得更远，把这一责任推到更为遥远的《易经》”。同时，他充分肯定了我的这次谈话，认为其“平实而中肯”“历史纵深与文化含量，并不亚于北京文化峰会及其《甲申文化宣言》”。
谈到这里，讲一个小插曲。2005 年7 月24 日，第22 届国际科学史大会在北京开幕后，《中华读书报》编辑王洪波采访了我。在采访中，当谈及“李约瑟难题”时，我说不能完全同意杨振宁提出的《易经》影响中国科学发展的提法。这其实只是谈话的一小部分内容，而且我的本意只是说杨振宁把《易经》的负面作用夸大了。7 月27 日《中华读书报》登出采访稿后，我大吃一惊。因为主编为了哗众取宠，竟把编辑原拟题目《历史视野中的科学》擅自改为《席泽宗：我不能同意杨振宁先生》。我觉得事关重大，应该更正，就给王洪波写了一封信，要求将我的信用“来函照登”的方式发表。8 月10 日，报社就把这封信照登出来了。
时至今日，我依然主张要找“李约瑟问题”的答案，不必到1400 年以前的希腊去找，也不必追着孔子、孟子。谈论近代中国科学为什么落后了，还是要从当时、当地去找原因。有些人把“李约瑟问题”作为事关中国科学发展的一个大问题来讨论，也不必。有人愿意写文章讨论它，也可以；我们也不必孤立、反对他。我还一直认为：近代科学在中国没有诞生，不等于近代科学在中国不能发展得快，这是两回事，不能混为一谈。