吴元年九月初一，朱元璋依周制在应天府设立吴太庙，采用“都宫别殿制”为四亲（高祖、曾祖、祖父、父亲）各建一殿以奉安神主并享受祭祀。洪武元年朱元璋登基称帝后，追封四亲为皇帝并改吴太庙为明太庙。
洪武八年朱元璋以地址不适为由，重建了明太庙并将规制改为“同堂异室九庙制”。奉安入太庙的神主不再分居各殿，合祀于太庙正殿。诸神主以德祖为始祖居首（正中）、左昭右穆的形式分居正殿九室之中。
注：周礼规定天子七庙，除始祖外，二世、四世、六世为“昭”，三世、五世、七世为穆。按照朱元璋的扩展，八世和九世也被纳入昭穆之列。
此时明朝太庙正殿内的神主布局如下图所示。
洪武三十一年闰五月，皇太孙朱允炆登基。建文帝先是为祖父上庙号“太祖”，然后又追封自己的父亲朱标为明兴宗，与太祖一起升祔太庙。建文四年，燕王朱棣篡夺皇位后，不仅革除朱允炆的皇帝名号，还将自己大哥朱标的神主移出了太庙。
永乐四年，朱棣下诏迁都北京。在营建北京城的过程中，以南京太庙为蓝本在北京兴建新太庙。永乐十九年正月初一，朱棣亲奉南京太庙神主入祀北京太庙，明朝也开启了双庙模式（虽未关停但南京太庙实际处于闲置状态）。
此时北京太庙正殿的神主位置如下图所示。
此后新皇登基均会依制奉安先帝神主入祀太庙，直至弘治朝出现了新情况 – 太庙正殿满了，明宪宗（朱见深）该怎么入庙呢？
经朝堂激烈讨论，确定了以下原则。一，仍以德祖（朱百六）为始祖；二，新神主升祔太庙时，依“亲尽则祧”的原则将亲缘最远的神主祧出；三，因太祖、太宗功业甚伟，比照周文王例定为“百世不祧”。
随后弘治帝下旨在太庙正殿以北另建祧殿，落成后将懿祖（朱四九）迁祧到祧庙，德祖以下神主依次前移一室，然后将宪宗神主升祔入太庙正殿。此后孝宗、武宗也依此规则分别入祔太庙。
嘉靖帝登基时又出了新状况，外藩入嗣的朱厚璁想让自己的生父（兴王朱祐杬）成为皇帝并升祔太庙。
首先，嘉靖帝通过“大礼议”的胜利，认回了自己生父并为其加尊号“皇考恭穆献皇帝”。然后以方便祭祀父皇为由，在太庙边上为献皇帝单独修建了“世庙”。
接着，嘉靖帝又盯上了弘治朝大讨论时留下的一个争议 – 德祖应不应该以始祖的身份在太庙正殿居首。
依照“祖有功宗有德”的原则，一朝太祖才更有资格成为始祖，所以明太祖朱元璋才更应该作为大明的始祖在太庙居首。
丙戌敕谕礼部曰：“朕惟郊庙之祀未有不同，所以尊事天地祖宗者也，惟太庙享祀制宜未称孝敬之情。仰惟朕太祖高皇帝重辟宇宙，肇运开基。圣德丰隆，神功伟盛。顾不得南面居尊，甚非所宜。当朕圣祖在御，固宜尊德祖居尊。其在今日，以朕圣祖居始祖之位，每岁孟春行持享之礼。自太宗而下并各居一幄而仍同日行礼 ……”
《明世宗实录·卷一百二十一》
嘉靖帝就逮着这个漏洞做文章，在嘉靖十年将德祖祧出太庙并尊太祖为始祖。至此朱元璋追尊的四亲全部祧尽，太庙正殿里也空出了一个位置。
嘉靖十三年南京太庙因火灾被焚毁，嘉靖帝以需应天意变革庙制为由，下令将北京太庙的“同堂异室合祀”改回为“都宫别殿群庙分祀”。以太祖神主居首，太宗神主居左（称文祖世室），其右空缺。
最后以仁宗神主居左昭第一位，在文祖世室之下；以宣宗神主居右穆第一位，以下四庙依序排列。这样每个皇帝单独一庙，世宗后面将自己父亲升祔入庙也就不会显得那么突兀了。
嘉靖十七年六月，致仕扬州府同知丰坊上疏朝廷，“孝莫大于严父，严父莫大于配天。请复古礼、建明堂。加尊皇考献皇帝庙号，称宗以配上帝”。
“明堂”是一种祭天的礼制，皇帝在祭祀时需挑选一位先皇（始祖除外）与他同祭。只是到明朝这种制度早已荒废，这位先皇怎么选有点说不清楚了。丰坊的意思是嘉靖帝应该依亲疏选自己的父亲，这也是一种孝的表现。
嘉靖帝立即传旨礼部尽快拿出具体方案，但朝堂上下基本没人支持。大怒的世宗以廷杖和直接的言语威胁（主要是威胁严嵩和徐阶），“文皇帝谁之祖，献皇帝谁之父”，最终迫使朝廷屈服妥协。
注：对于丰坊提出的明堂，以户部左侍郎唐胄为代表的部分官员，觉得应当依功绩选着太宗朱棣，“只以有功之祖配 ... 明堂之配不专于父明矣”。嘉靖帝无法否认这一点，只得升级朱棣的庙号提高祭祀规格以为补偿。
吏部尚书徐阶奏请改太宗庙号为“成祖”，并为献皇帝加庙号“睿宗”。献皇帝朱祐杬的神主得以升祔太庙，与其兄孝宗（朱祐樘）同庙异室，位在孝宗神主之下。
嘉靖二十年京师太庙毁于大火（九庙烧毁了八庙），世宗以上天示警以及重建群庙耗资甚繁为由，再次变革庙制。他将“都宫别殿制”重新改回为“同堂异室制”，同时世宗又提出各室不论昭穆（这是孝宗和睿宗共居一庙的原因），只序伦理。
这样太庙神主以太祖居中，左序成祖、宣宗、宪宗、睿宗，右序仁宗、英宗、孝宗、武宗。世宗终于实现了让生父成为皇帝，并升祔太庙独占一室的目标。
弄完这些之后，世宗并不放心。他怕自己驾崩后，朝臣直接越过次序将其父给祧出太庙。嘉靖二十六年方皇后的病逝，给了世宗一个上保险的机会。
在明朝元后享有三项特殊待遇，“系帝谥、合葬、祔太庙”，世宗要借“祔太庙”来做文章。他先是传旨礼部，“以元后之礼丧之”。待禫祭（除丧服之祭）后直接询问徐阶，方氏的祔庙之礼准备如何安排布置。
徐阶最初以待皇帝身后再行定夺来推脱，世宗怒斥“后位即朕之位序也”，并给徐阶扣了顶灭族的帽子。说他不想办皇后袱庙之事，实际是“视朕犹闰位 … 尔等怀二之心牢至于今耶”。
徐阶不得不跪服，上奏要求祧仁宗神主，并升祔孝烈皇后入太庙，“今仁宗为皇上五世祖，以圣躬论，仁宗于礼当祧，孝烈皇后于礼当祔。请祧仁宗，祔孝烈皇后于太庙第九室”。
这样就让方皇后提前在太庙里给自己占好位置，待自己驾崩时，嗣皇帝和朝廷也不需考虑祧庙之事，睿宗的神主也基本不会被提前祧出了（隔代之后朝廷也不会再折腾此事）。后续的历史也确实如此，没人再折腾太庙了。直至明朝覆灭，睿宗的神主也安然呆在太庙正殿。