在不少农民心中，都一直秉持着一个观点，那就是：秸秆还田不当，就会加重病害、虫害、草害和冻害。尤其是以前并没有用到如此大量的农药，像是主要作物小麦，以前仅一两次杀虫就可以，而现在每季需要杀虫4次，甚至更多。玉米以前也是顶多打药一次，可如今也得打两三遍。并且气候越热，这种病虫害的增多就越是明显。
农民们普遍认为，秸秆里面含有大量的病菌、虫卵，在温度适宜的时候，秸秆就成了一个最好的“孵化器”，加上现在农村秸秆粉碎不彻底，埋藏较浅，或者分布不均匀，让新的秧苗难以扎根，秸秆还田的负面效应就显现的更加突出。在不少农业大县中，种植户多数都对秸秆还田持这种态度。并且还有农民指出：现在秸秆禁烧，只能还田，几年下来，病虫害越来越厉害，整个地块都有病菌和虫卵，只能通过多打药来解决。
可以说，在冬季气候这一块儿，禁烧秸秆的确对改善冬季大气质量有着相当程度的提升和改善，但也不能说秸秆还田一点问题也没有。专家提出的标准化秸秆还田作业，对秸秆的粉碎度、深翻度、温度、湿度以及是否需要施加适量氮肥进行催化和腐熟，都有着因地制宜的不同标准。但这样复杂的标准，让普通农民执行起来，就千变万化了。
有很多农民会把本应该粉碎、深翻、耙实、加氮肥的还田操作，简约化处理，例如简化成为粉碎后旋耕。旋耕掩埋秸秆，和深翻秸秆的最显著差别就在于秸秆的掩埋深度，旋耕深度一般在15到20厘米，而深翻在30到40厘米。如果旋耕之前粉碎的又较为粗糙的话，那么在经过风吹雨淋之后，残留的秸秆还会露出地表，更加难以腐熟，这样滋生病虫害，也就不罕见了。即便没有滋生虫害，来年春季农作物扎根和水肥输送方面，都会比较困难。
那为什么多数农民不选择深耕，而是旋耕对待秸秆还田呢？问题还是出现在钱上。以小麦为例，一亩小麦纯利润也就400来块，可深耕掩埋秸秆的花销比旋耕多出50元或者60元。农民不愿意花这个钱。
基于此，已经有浙江、广西、湖南长沙、衡阳等多地，开始允许有条件焚烧秸秆的政策。
比如浙江，承认了因为秸秆还田带来的水稻百叶枯病加剧，争取对带病秸秆进行焚烧。而湖南长沙，则对二化螟虫进行了直观统计，2022年二化螟虫越冬基数每亩6612.6头，和禁烧秸秆前一年的418.45头数量翻了14.8倍。这并不是最多的，因为各区县的二化螟虫悦动技术相较于秸秆禁烧前一年，增长范围在10倍到100倍之间。
各地“有条件”放开秸秆禁烧，只是为禁烧秸秆开一道口子，并不是走回头路，只是对多年禁烧的副作用的实际反馈，是一种实事求是的做法。尤其是允许焚烧的秸秆，如何检疫，谁来鉴定，也同样考验着各地的执行力。