全面抗战期间，项英担任新四军政治委员，同时还是新四军副军长。就实际情况而言，项英同志在军内的职权和影响力要超过叶挺。项英地位高是正常的，因为叶挺将军受到一些事情影响，曾脱离组织多年没有党内职务；按照人民军队的组织特点，党内履历深厚的项英承担了更多职责。项英过往功劳大，毛主席十分信任，但对于项英的做事风格和性格特征，伟人也经常感到无奈。
抗战过程中，项英与叶挺长期不和，这两人都曾向中央提出过辞职，很令延安方面伤脑筋。后来毛主席安抚叶挺，严厉批评了项英，让他不要再跟组织耍态度、努力与叶挺军长团结协作。但真正令毛主席怒不可遏的，还不是项英与叶挺的关系问题，而是1939年新四军内部发生的一件事。
1939年6月，毛主席收到新四军军部发来的一封电报，对电报上汇报的事情大为震惊，尤其项英在电报中的措辞，令主席当场气得哆嗦。电报中指出“高敬亭将被执行枪决”，后面还附加了这样一句：“白崇禧电奉委座电令所请将高敬亭处以枪刑，照准。”这份电报有两个令毛主席震怒的信息，一是未经中央许可，新四军便要枪毙重要将领；二是这件事情，军部竟然专门“请示”了老蒋！
主席一时间，难以相信项英干的糊涂事，究竟是出于什么逻辑。由于延安距离新四军军部太远，无法快速顺畅地联络沟通，毛主席反复分析了项英电报的用意和思维过程，多少理顺了一些：当时的背景是全民族抗战，包括新四军的番号，其实也是国民革命军编制；在名义上老蒋作为国民政府“领袖”，我党我军与其保持着礼节性的电报沟通。所以枪决高敬亭的事情，项英告知了老蒋、白崇禧等人。
问题的关键在于，毛主席根本不打算严厉处置高敬亭。事发前高敬亭担任新四军第四支队司令员，属于新四军的骨干将领之一。红军时期高敬亭顽强坚守鄂豫皖根据地，保存住红军火种，一直坚持到全面抗战，能力、功劳都是非常突出的。但在新四军内，第四支队有些尾大不掉，高敬亭多少存在骄傲情绪，几次顶撞军部领导，对于上级的一些命令没有严格执行。中央曾专门派干部下来协调，但高敬亭改进不大。出于教育和保护高敬亭的目的，主席决定调他到延安总部学习。谁知项英却坚持要枪毙高敬亭，理由是第四支队出了投敌的叛徒（
七团长杨克志和副团长曹玉福
），要将管理不力的高敬亭“数罪并罚”。
延安接到项英的电报时，已经晚了，6月24日上午高敬亭被处死，地点是
安徽肥东县。在这件事情的处理上，新四军军部没有经过中央正式同意，就枪决了高级指挥员，是严重失当的。毛主席怀疑相关干部夹带个人情绪，问题很严重。而“电请”蒋某人并向延安发电汇报，更是滑稽而可恨的做法，十分丢人，毛主席对此耿耿于怀。之所以没有第一时间追究军部的责任，是考虑到抗战大局；而且新四军距离延安较远，与八路军的情况多少是不同的。
1941年发生皖南事变，项英遇害、叶挺被俘。出了这样的大事，高敬亭的冤案被暂时搁置了下来，此后少有人提及。但在上世纪七十年代，主席晚年仍然没有忘记高敬亭，明确指示深入调查、要给将军平反。1975年毛主席摇着头评价：项英也早已不在了，但杀高敬亭的事情，多半是项英当年的问题。1977年全部流程走完，高敬亭将军终于完全恢复了名誉，后被追认为革命烈士。