1959年，邱会作被任命为总后勤部部长，开始主持后勤工作。对于他的到来，机关内部还是引起不小波折。
2年前，他就担任总后勤部副部长兼副政委，离开后去了高等军事学院脱产学习2年。 如今再回来，而且担任一把手，内部领导班子多少是有想法的。
经过上级找主要领导谈话，希望大家搞好团结，配合邱会作工作等，他在总后勤的工作慢慢打开局面。
到总后勤上任时，林总就对他说后勤工作的复杂性，让他有一个思想准备。其实，在我军的历史上长期存在过轻视后勤工作的问题，过去的说法，能打能冲当指挥员，能写会道的当政治官，什么也不会当粮食官。
在很长一段时间里，轻视后勤工作的现象不仅没有减少，反而加重了。当抗美援朝后，后勤工作才得到一定重视，地位有所提高。可很多人的骨子里还是有一种观念，后勤干部低人一等的现象。
在新中国成立后，总政部不断把老干部分配到总后勤部，这让邱会作很有意见。为此，想尽办法对老干部进行职务调整。
干部问题是军队建设的核心问题，主抓干部队伍建设这个中心，算是牵住了牛鼻子。而总后勤部是满堂红，什么意思呢？总后勤机关干部，二级部正副干部都是红军老干部。
老干部存在三个弱点，而且是普遍现象，是老、粗、弱。年龄偏大，文化不高，身体状况差。这样的老干部放在重要岗位上，很多工作抓起来，执行效率不会很高。为此，他认为必须改变，否则对事业的发展极为不利。
他开始对干部进行调整，由于老干部过多，位置上满满的，一个空余位置也没有。张池明、张云天、汤平、韩振纪等二级部负责人调任总后勤部副部长，把二级部部长位置空出来，把有经验，能力强，年轻的干部调到重要位置。
对于身体弱，不能坚持一线工作的，探索带职离休的路子，刘显宜、李佐荣成为第一批离休的干部。
老干部该提拔的提拔，该离休的离休，把具体干事的二级部部长、处长安排妥当后，工作上就改善很大。经过一段时间的干部调整，原本满堂红的现象，迎来了几位抗日时期的干部担任二级部长。
对于老红军干部，他并没有看不起，自己也是老红军，更知道老红军的短板在哪里。很多人参加革命才一二十岁，都是穷苦出身，没有受过多少教育，虽然有丰富的经验，可面对现代化作战条件，需要一定的知识，以及精力。
随着年纪越来越大，他们的学习能力，精力等都跟不上年轻一些的干部，所以让位出来，让更合适的人负责，从大局出发有利于军队健康发展。