满清入关前，使用的应该是满语，但入关后，随着汉臣的增加以及环境的改变，朝堂上使用的肯定是汉语。
这话可不是我胡乱说的，有证据。雍正六年，雍正帝发了道圣谕，大意是大臣们在自己面前不准说方言，必须说官话，不会官话的士子们不许科考，尤其广东、福建两地更要严格，不许放水！
此圣谕发出去的几天前，雍正召见了一名叫许松佶的官员，对他的评价很高，说他“不似福建人”，因为许松佶说的官话雍正竟然全听懂了！事后还在他的考评里特意加了一句“言语亦清楚”。
这里的官话，也就是古代的普通话。各个朝代的普通话还不一样，到了清朝，普通话一开始是辽东方言，因为这是满清最早学会的汉语。
之后是南京方言，因为明朝最初定都南京，哪怕后来迁都到了北京，官话还是南京音，清朝各方面效仿明朝，语言也不例外；但后来为了减弱明朝的影响，于雍正八年设立“正音馆”，开始推广以北京音为标准的官话。
语言对清朝皇帝造成了很大的困扰，很是下了一番功夫，可惜效果不怎么样。清末探花商衍鎏曾说，一开始的时候各地官员都很认真，但这毕竟不是什么紧急公务，慢慢的也就松懈了，到嘉庆、道光时，福建仅存邵武郡城一所（正音馆），后来也改做别的，广东更是无闻矣。
这一切都说明，清朝在朝堂上是以汉语为主的。当然了，如果皇帝召见的不是汉臣而是满臣，大家用满语交流也很正常。或者汉臣为了拍皇帝的马屁，刻意学满语，这都是有的。
为什么呢？我认为主要有两方面的原因：
一、从实用性来说，满语表达能力有限
语言和环境是分不开的，什么样的环境产生什么样的语言。生活在关外时，满语可以满足满洲人的日常所需，但到了关内，如何用满语去表达关外没有的一样事物？比如江南的手工纺织工具，关外没有，满语中也就没有。
中原花花世界无疑比关外更繁华精彩，涉及到的新鲜名词也更多。满语就不够用了，皇帝要想处理天南海北的事务，就得采用表达能力更强、使用人数更多、词汇更丰富的汉语。
二、从政治角度来说，清廷不想激起更大的矛盾
从清朝入关那一刻起，反清的地下行动就没有停止过。其规模或大或小，给满清造成了不同程度的损害。一个剃发令，激得多少汉人奋起抗清，虽然最终失败了，但也让清廷知道老百姓心里是怎么想的。
和头发比起来，语言无疑更为重要。头发可以剃，但想让我们改换语言？不可以，绝对不可以，这涉及到更深层次的问题。如果清廷胆敢取消汉语推广满语，绝对会激起汉人更大的反意。
所以，历代清朝皇帝都很注意缓和满汉矛盾，他们深切的认识到，想让人数较少的满洲人统治广大的汉人，强压是不行的，需要采取更为柔和的措施，在朝堂上以汉语为主就是方式之一。
但清帝们也没有放弃满语，他们通常精通汉、满、蒙三种语言。
总之，清朝以汉语为主，一是出于实用性，二是为了政治目的。