据中国海关总署公告，大陆方面从6月13日起，暂停对台湾地区石斑鱼进口。据公告显示，去年以来，大陆海关多次从台湾地区石斑鱼体内检测出孔雀石绿等禁用药物，此外，还检测出土霉素超标。这些药物具有高毒性，能够使人致癌、致畸。为了保护大陆消费者的健康安全，中国海关总署已经通告了各处海关，不再受理台湾石斑鱼报关。
在禁运石斑鱼之前，大陆方面就已经多次对台湾农副产品进行了限制，原因几乎都是质量问题。去年1月，因台当局坚持出售“瘦肉精猪”，大陆宣布停止进口台湾地区的猪肉产品；去年2月，大陆海关总署从台湾菠萝当中检测出了寄生虫，决定暂停对台湾菠萝的输入；去年9月，台湾释迦和莲雾又被检测出了有害生物，车厘子被检测出携带新冠病毒，也遭到了同样的限制措施。
据了解，台湾外销的菠萝和莲雾等水果，有95%向大陆输入，同时还有92%的石斑鱼也同样被送往大陆市场。台湾菠萝被禁运后，台当局不仅不去改善产品质量，重新赢回消费者信任，反而指责大陆“违反商业规则”。蔡英文还曾亲自给台湾菠萝打广告，声称台湾菠萝外销渠道已经打通，根本不愁没有顾客。为此，台当局还砸下10亿新台币，作为对外销奖励措施。
此外，台当局还力推菠萝“内销”，呼吁台湾民众自己消化掉台湾水果，台湾媒体和政府单位都开始不遗余力地宣传。甚至有媒体人在节目上声称，每个台湾人一天吃18公斤菠萝，一点都不难。但是台湾民众根本不买台当局的账，内销价格惨淡，台湾水果的强行销售也遭来一片骂声。
日本为了表现出对台湾的“支持”，向台湾购买了大量菠萝，台当局也大肆炒作，称台湾水果获得了“国际认可”。但事实打了台当局的脸，台湾“民主菠萝”因为虫害、黑心、发霉等质量问题，在日本很快遭到抵制，在日本售卖的台湾菠萝，甚至价格降至100日元一个，台湾果农连成本都收不回来。
因为台当局的错误举措，台湾果农损失惨重，只好找台当局要说法。但“农委会主委”陈吉仲将黑锅甩给运输和仓储，并称“有虫子也不是不能吃”，引起岛内一片哗然，果农已经对台当局失去了信任，只好自谋出路，准备筹组非政府组织尝试与大陆谈判。
台当局为了甩掉责任，故技重施指责大陆，陈吉仲还称大陆趁着自己染上新冠搞“突袭”，为此，台当局还将此事闹上WTO。6月12日，WTO在日内瓦召开部长级会议，台行政机构“政务委员”邓振中参会并暗批大陆。邓振中声称，有成员国利用“胁迫手段”，要求其他人妥协，利用“无理无端的食品检验”，突袭式禁止其他成员国产品进口。台湾的菠萝、莲雾等水果“深受其害”。WTO应该维持规则，维护公平贸易。
但是台当局的政治操弄并不能带来市场，台当局受到果农的压力越来越大，如今台湾重要的渔产也被限制，台当局终于有些顶不住了，开始向大陆放软姿态。6月12日，台湾行政部门负责人苏贞昌声称，台当局对石斑鱼作出了检测，并没有发现违禁物质。台湾一直对大陆有“善意”，台湾愿意与大陆合作。
台当局愿意与大陆加强贸易方面的合作，固然是好事，但苏贞昌还给合作设置了三个前提条件。既是要在“平等、互利和没有政治背景”的条件下，才会和大陆合作。互利和不带政治色彩，都能够接受，但台湾只是中国一个省，凭什么和大陆“平等”？如果台当局不改变“台独”思想，就算获得了一时的利益，也终将会被大陆市场抛弃。