在日本历史上，有过三次转型：第一次转型是学习中国文化和佛教，结果是产生了日本佛教社会和天皇制；第二次转型是学习中国的宋明理学，结果是产生了日本近世儒学，以及稳定的幕府统治；第三次转型是学习西方现代性，结果是明治维新，并产生了军国主义及扩张。我们判定是否是一次转型，要看是否产生了一个新的社会组织蓝图。佛教社会的社会组织蓝图和儒家社会的社会组织蓝图肯定是不一样的，现代社会的组织蓝图，又跟传统社会不一样。
大约在唐代，佛教及中国文化传入日本。在此之前，日本本土是神道教，比较原始的宗教，信仰天照大神。公元 665 年，圣德太子大化改新。这个改革有两个内容，一个是学习唐朝的官制，即中央集权的皇帝制度，由此形成了天皇制。一个是引进中国政治文化，日本派遣唐使全盘学习唐朝的佛学和儒学。中国人一直认为日本是儒家文化，其实在这个时期，日本主要学习的是佛学，佛教成为了日本的国教，甚至把本土的神道教都纳入佛教。此时日本是个佛教社会，而不是一个儒家社会。一直要到宋明理学传入日本，它才变成一个儒家社会。
大化改新最重要的是：天皇背后的正当性不再完全是神道教了，而变成了神道和佛教的结合体——从此天皇不再只是天照大神，他更是佛教如来的化身。所以天皇的即位仪式需要两个东西，一个是佛教的“灌顶”，一个是神道教的道具。所以为什么日本的的天皇制度能“万世一系”，因为天皇是神，怎么能换呢？而中国乃至西方的所有国家的皇帝都会换，因为不是神。不过，虽然天皇不能换，但是可以被悬置起来。这就是幕府制度的出现。
以天皇为中心的中央政府，逐渐出现了问题，社会无组织力量开始改变整个社会：政治上，贵族力量日益增强；经济上，庄园制度兴起。十世纪以后，皇权式微，公地、公民制完全解体。社会动乱中，武士阶层兴起。武士阶层和庄园制结合，形成了不受天皇控制的政治武装力量，这就是幕府。幕府权力再大，也没有统治正当性，所以只能当“征夷大将军”。这就形成了天皇和幕府并存的二元政治结构。幕府将军虽然想用儒家的“忠”、“孝”作为统治正当性来源，但是在佛教和神道教的背景下，无法被社会接受，无法形成中国式的“家国同构体”。
日本历史上有三代幕府，第一代是“镰仓幕府（源氏幕府）”，第二代是“室町幕府（足利幕府）”，第三代是“江户幕府（德川幕府）”。
1185年，此时中国是南宋宋高宗在位，关东源氏武士集团在和关西平氏的斗争中胜出，1192 年，源赖朝从朝廷取得“征夷大将军”称号，在镰仓建立幕府。镰仓幕府的建立标志着日本天皇成为傀儡，幕府成为实际的政治中心。正中元年（1324年），后醍醐天皇密谋倒幕，但计划被幕府得知，主要大臣遭到流放，第一次倒幕运动失败，史称“正中之变”。1331年，后醍醐天皇再次密谋倒幕，倒幕军被幕府军打败，史称“元弘之乱”，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕运动失败。
1335 年，足利尊氏兄弟起兵，占领京都，废后醍醐天皇，立光明天皇。1378 年，此时为明朝的洪武年间，朱元璋在位。足利尊氏在京都室町街建立幕府。室町幕府不到一个世纪就衰落了，其衰亡导致日本进入长达一百五十年的战国时期。最后德川家康胜出，1603 年任征夷大将军，在江户（今日东京）建立新幕府，时明万历三十一年，努尔哈赤已经开始兴起。
源氏幕府和足利幕府都不太稳定，因为只有天皇有统治的正当性，掌握实权的幕府将军没有统治正当性。而德川幕府和前面两个幕府不一样，因为他们接受了朱子学（程朱理学）作为政治正当性：天皇的正当性从此就属于天理境界层面的相接的佛学，而将军和家臣的正当性则来自于儒学中“忠”、“孝”。从此德川幕府建立了强大而稳定的统治。幕府不仅实现了各个大名的整合，建立了等级制的“封建”社会，甚至还设立了一直延伸到基层的政府，把全社会都管理起来了。在当时，日本也跟中国一样，实行的是闭关锁国的政策，不和外国进行贸易。
简要介绍一下幕府时期日本思想史的变化：因为朱子学（程朱理学）融合了佛教，所以儒学在日本能战胜佛教，于是日本的知识阶层普遍接受了儒学。但是很快，日本江户时代的儒学，产生了新的变化，这就是“徂徕学”的出现，由此产生了日本的新政治哲学，强调政治领域和儒家伦理的分离、公共领域和私人领域分离。徂徕学不是荻生徂徕一个人完成了，而是三代日本儒生才完成的。第一代是山鹿素行，他强调理的多元论。第二代是伊藤仁斋，“理”在其学说中被分裂，格致被赋予物理学含义，不再有道德意涵。第三代是荻生徂徕，他强调政治高于道德秩序。
发生这样的思想变化，在这背后其实儒家和佛教两种超越视野共存的结果，这其实就类似于新教社会中古希腊超越视野和基督教超越视野分裂共存的局面。中国宋代以后的儒生没有实现儒家和佛教两种超越视野共存，而日本儒生由于佛教的背景太强大，所以出现了两种超越视野共存的局面。由于日本的新政治文化（徂徕学）同时肯定兰学（荷兰学术，进一步引申为西方科学）、儒学、佛学，是多元并立的文化，所以日本的现代转型就特别快，因为日本有学习西方的多元正当性依据。作为对比，清帝国没有多元正当性，只有儒学的正当性，所以会否定学习西方的种种企图，无论西方科技多么好，都会强调祖宗之法不可变，中国的东西更好，甚至编出西学中源（西方科学是中国传过去的）的理论，以否定学习西方的可能性。只要不学习西方，社会转型就很难。所以清帝国的社会转型必须要部分否定或全面否定儒学，才会开始学习西方。
1853 年，美国海军准将培里（Mathew Perry）率领四艘美国军舰（漆成黑色）抵达日本，向幕府提交国书逼迫日本开国，史称“黑船事件”。1854年2月，佩里再次率领舰队来到日本，这次一共有七艘军舰，而且舰队一直深入江户湾内，到达横滨附近才停船，面对佩里的强硬姿势，幕府只好接受开国的要求了。于是双方在横滨签定了《日美亲善条约》。这个事件被当时的日本人看做奇耻大辱，由此开始了日本的改革时代。
1867 年，日本开始明治维新，通过三个环节完成了日本的现代转型：一、王政复古，建立统一王权；二、引进现代普世价值，学习西方制度；三、把天皇和日本式个人放到宪法和议会政治统一的框架中。
日本的现代转型的结果是幕府放弃权力，天皇掌握权力。围绕着转型的模式，天皇派和幕府派做了很多的斗争，最终形成了天皇控制了军队，议会控制政府的模式。
日本的现代转型很成功，只用了 30 年时间，就成为了世界强国，但是它也有它的问题，就是日本的民族主义建立在天皇之上，天皇成为民族统一的象征。日本明治维新初期，天皇权力不大，主要政治权力在内阁手上，但是由于军方直接对天皇效忠，而不对首相负责，这一开始还没有问题，但随着对外战争不断胜利，这就推动天皇权力不断扩大。当军事上的的连续胜利到了一定程度，军方就开始不受内阁控制。
日本明治维新以后，开始了一系列的对外战争，从1894年-1895年的中日甲午战争，到1904-1905年的日俄战争，再到1914-1919年的第一次世界大战，再到1931年的九一八事变，最后发展为1941年的太平洋战争。本来战争胜利是不会导致军方势力坐大的，但是由于日本天皇制度的缺陷，“帝国日本的陆军直接隶属于天皇陛下” ，日本对外战争胜利导致军方的势力脱离政府及议会约束，演变成军国主义，背后其实就是日本天皇权力膨胀，导致宪政有名无实。
在西方宪政体制下，皇帝、国王受宪法约束，不得干涉政治，基本上就只是一个民族国家的象征，没有军事统帅权，没有政治人事任免权，也没有财政权，这些权力全部在政府和议会手上。但是日本的天皇是其民族主义的载体，日本实现现代转型全靠天皇制度的存在而实现的，它有自己的特征及缺陷。1889年《大日本帝国宪法》制定之前，日本就有了不成文的规定：“统帅权独立，军政分离主义”。在1912年之前，天皇的军事统帅权并未失控，还是受国会和政府统辖。追溯这个不成文的原则的来源，是为了防止呼吁设立议会的民权运动波及到军队，1878年12月，日本就制定了《参谋本部条例》，其中第六条规定：“战时一切关于军令事项均由亲裁决定（由天皇进行判断）”。随后进一步的发展就是：1879年10月，《陆军职制》第一条规定出台：“帝国日本的陆军直接隶属于天皇陛下”。这样天皇就把军权拿到手了。由于1894中日甲午战争、1904日俄战争两次对外战争的胜利，导致军方势力抬头，由于他们背后有天皇做靠山，政府（首相）及议会对他们无可奈何，最后就完全变成了军方组阁，彻底地控制了政府，排除了议会，实现了天皇统治，日本从现代宪政制度回到了传统君主独裁制度。
另外需要注意的是：明治维新时期的日本，内阁还不是议会内阁制，首相没有对国务大臣的任免权，这就导致国务大臣与首相是平等地位，而且海军大臣、空军大臣从1900年开始都必须是现役军人，这就导致他们的意见变得极为重要，一旦他们不同意，就会导致整个内阁重组：1912年，因为不满西园内阁拒绝陆军在朝鲜增设2个师团的要求，陆军大臣上元勇作愤而辞职，导致西园内阁被迫总辞。
当时日本宪法第55条第1项规定：“（天皇）任命国务各大臣辅弼天皇”。这就是说，国务大臣不对首相负责，而对天皇负责。到了1931年，少壮派（军国主义的激进派）更是发动了2次流产的政变，试图直接让陆军大臣组阁。事后，涉事的陆军大臣并未受影响，说明激进派掌权是符合天皇意图的。
二战后，在美国要求下，日本政府宣布政教分离，裕仁天皇发布诏书，宣布自己是人不是神，废除国家神道，政府不得资助神社，日本再次开始了现代转型。这一次，天皇不再干涉政治。