台湾《镜周刊》5月7日报道，蔡英文已决定520卸任前特赦陈水扁，并由幕僚单位启动特赦作业。后有媒体报道，特赦陈水扁，可能采用“免刑不免罪”的方式。5月16日，此前并未明确否认此事的蔡办发言人林聿禅明确表示，“实际上相关程序都必须依法进行，并且也无此决定”。知情人士透露，蔡英文卸任前无法赦扁是由于蔡内阁已于16日总辞，进入看守阶段，即使蔡英文命令特赦陈水扁，行政部门也无法进行副署及完成后续程序。
对于陈水扁特赦案突然生变一事，台湾各界人士表示了自己的看法。
5月10日曾在脸书痛批蔡英文特赦陈水扁是“为德不卒、充满算计”的民进党党员、台湾民意基金会董事长游盈隆16日第一时间在脸书表示，以“内阁已总辞”，无法完成特赦陈水扁，这种说法太牵强、太可笑；若真心想特赦，蔡权力行使不受周休二日影响，时间还多的很。
记者在询问陈水扁本人的看法，陈水扁直接引用了游盈隆的说法回复记者，“内阁已总辞，无法完成特赦”，这种说法漏洞百出，太可笑了。
台湾前驻新西兰代表介文汲16日在节目中表示，陈水扁特赦案最后一刻被拿掉，他推测，是因为美国明确反对。美国人对陈水扁深恶痛绝，认为陈水扁当年玩到美国人头上。美国正好给赖清德一个机会教育，跟美国人玩花样，下场就跟陈水扁一样。
台北市前市长、民众党主席柯文哲17日针对此事表示，特赦这种重大事件不应透过媒体放话来测风向，应该蔡英文自己出来说明， “整个事件到最后变成是耍人家（指陈水扁）”。
民进党籍高雄市市长陈其迈17日受访时认为，特赦属于领导人的职权，他予以尊重；他也希望未来赖清德当局基于司法、政治及减少社会对立的情况来综合考虑此事。
媒体人张禹宣17日节目中表示，在周刊爆出来特赦案的时候，没有直接否认，还让大家讨论一两个礼拜，所以显然是刻意的让子弹飞，而且这个子弹是有目标的；现在很明显是打到了赖清德身上。蔡英文把陈水扁这个烂摊子，给赖清德留下来了。
