无人机机身配置取决于所要求的航程和飞行性能。一般而言，旋翼无人机虽然在航程和续航时间一定的情况下飞行能效相比于固定翼无人机更低；但是，它能够在特定地点盘旋，在复杂地形进行垂直起降，具备更小的转弯半径。因此，对于很多任务来说，旋翼无人机所提供的灵活性值得其在尺寸和动力不变的情况下牺牲部分续航时间和有效载荷量。相比之下，固定翼无人机在成本和尺寸不变的情况下，能够飞得更远、更久。然而，固定翼无人机需要平整开放的空间起飞和降落，可能无法进行急转弯或悬停，并且其飞行轨迹的可预测性较强，这使得其更易被敌方探测和拦截。
其他潜在的重要机身考量还包括抵御恶劣气象条件的能力。例如，机身需具备一定的防水能力、散热或冷却能力、除冰能力等，这些要求都会增加机身成本、重量和复杂性。
此类发动机可由固态燃料或液态燃料提供动力，但固态燃料可能更适用于像无人机这样的小型系统，因为固态燃料稳定性更强，可使无人机在运输储存过程中保持“随时可用”，而液态燃料则大多需要低温条件，这显然不实用。此外，固态燃料火箭发动机更简单且成本更低。在尺寸相当的情况下，火箭发动机所能提供的静态推力、加速度和最高飞行速度远超上述两种发动机。然而，此类发动机的燃料消耗速度也远超上述两种发动机，因此其只能在飞行初期的数秒时间内为无人机提供动力，在此之后，无人机只能借助发射时的动能和重力通过滑翔的方式接近目标。
另一种可以应对末段精度问题的特殊导航工具是反辐射导引头，此类导引头可以将无人机对准特定目标，如指定的雷达发射器。像“哈比”（Harpy）和“哈罗普”（Harop）这样的巡飞弹可以锁定敌方信号发射器，并在引导信号丢失时进行徘徊以起到压制作用。然而，这种能力只能针对有限的几类目标，并且很容易受到敌方硬性反制措施的影响。只有在与其他威胁系统搭配使用时，此类能力才能发挥显著作用。此外，雷达等其他系统可用于调整处于末端俯冲状态的弹药，以对指定区域的目标进行打击。这种系统主要应用于短距离目标校准，以修正航向并实现对目标的准确打击。为达到此效果，惯性导航系统中可能需要加装一个传感器，而每增加一个传感器都会增加无人机的成本、复杂性、尺寸和重量。图像识别是另一种导航解决方案，但除非有机载数据或人工监控的辅助，否则很容易受到诱饵、伪装和其他反制措施的影响
上述导航方式主要用于能够进行自主导航的无人机，而非由人工实时遥控的无人机。由人工实时遥控的无人机在飞行过程中需要在无人机和人类操作员之间建立有效的指挥链。对于情监侦（ISR）无人机来说，此类指挥链对非机载探测至关重要。对于所有无人机来说，在人类操作员的控制和导航之下，其不再需要知道自己的确切位置。在对抗性电磁环境中，人类操作员也可对无人机进行间断控制，并对惯性导航系统进行重新校准。当然，此方法的有效性取决于所使用指挥链的信号发射功率和成熟度。