甲基化数量性状位点(mQTLs)对于理解DNA甲基化变化在遗传易感性中的作用至关重要，但它们在东亚人(EAs)中尚未被完全表征。
2024年4月19日，中国科学院上海营养与健康研究所汪思佳、Andrew Teschendorff及中国科学院北京基因组研究所刘凡共同通讯在Nature Genetics在线发表题为“Analysis of blood methylation quantitative trait loci in East Asians reveals ancestry-specific impacts on complex traits”的研究论文，该研究对东亚人血液甲基化数量性状位点的分析揭示了对复杂性状的祖先特异性影响。
甲基化数量性状位点(mQTLs)是影响CpG位点DNA甲基化(DNAm)水平的遗传变异。识别和表征mQTLs对于阐明GWAS基因座的功能，DNAm作为遗传易感性的潜在因果介质的作用，以及遗传和环境因素对疾病风险的协同作用至关重要。mQTLs在整个基因组中非常丰富，它们在DNA变异中占很大比例。
目前的机制假说表明，DNAm模式的改变可以影响染色质的三维结构，从而影响调控区域对转录机制和其他调控元件的可及性(REs)。此外，DNAm的改变可能阻碍或促进转录因子(TF)的结合，从而影响基因表达模式。此外，由DNA改变引起的组蛋白水平的改变可导致染色质结构和基因表达的变化。也有人提出反式mQTL热点的形成可能是由cis-eGenes介导的，这些基因位于靠近mQTL区域的位置。然而，人们对mQTLs的理解还远远不够。
针对不同功能元素的mQTLs富集（图源自Nature Genetics）
该研究从3523名中国人的全血中鉴定出mQTLs，并在另外两个队列的1858名中国人中复制了它们。超过9%的mQTLs显示出EAs特异性，促进了EAs特异性遗传关联的精细定位，如与身高相关的变异所示。反式mQTLs热点揭示了促进EAs特异性遗传关联的生物学途径，包括ERG介导的反式mCpG网络，涉及造血细胞分化，这可能反映了ERG蛋白复合物的结合效率调节。
超过90%的mQTLs在不同的血细胞谱系之间是共享的，谱系特异性mQTLs的一小部分在各自的谱系中表现出优先的低甲基化。该研究为跨遗传祖先的mQTL景观及其对细胞过程和疾病/性状的下游影响提供了新的见解，揭示了形成这种复杂景观的潜在机制模型及其对细胞过程和疾病/表型的下游影响。
https://www.nature.com/articles/s41588-023-01494-9