一个长期居住在疗养院的年轻女孩莉莉，因为姐姐的婚礼而出院，莉莉一直有自残的毛病，即便是出院后还是一样，一有不顺遂或是伤心，她就会寻求各种方式自残，在她找到了一份律师秘书的工作之后，事情开始有了转变。
莉莉说：「我喜欢无聊一成不变的工作，也喜欢疗养院有规律的日子。」能够成为一名律师的事务秘书，莉莉觉得非常满意。
不知不觉中，莉莉开始对老板，也就是律师爱德华的过度指使产生依赖，越是依赖爱德华的颐指气使，莉莉便越不需要自残，两人的微妙的关系持续到一件事情的发生而有了改变。
一天，莉莉又因为打错字而被叫进律师办公室，为了让莉莉深刻记得她的错误，爱德华让莉莉弯下腰手掌贴在桌上，读她自己打错的那封信，而爱德华则是在莉莉念信的时候用手掴打她的屁股。
两人的关系从此变的有点病态，莉莉故意犯错好让爱德华打她，爱德华则是利用各种道具让莉莉不自在，或是要求莉莉像狗一样在地上爬，而莉莉则甘之如饴。两人这样的关系虽有点“X暗示”，但两人从未有过X关系，就只是这样一个施一个受，维持了好长一段时日。
直到某次莉莉依旧听从爱德华的指示趴在桌上，这次爱德华要她撩起裙子，自己则在莉莉身后自我解决，而这也让爱德华觉得，这样的关系不能再继续下去了，而赶走了莉莉。
伤心的莉莉最初还会偷偷回到工作地看着爱德华，最后她决定听从医生建议跨出新的一步，找其他的「受虐与被虐」的关系以求满足，并接受守候已久的高中男友——彼得的求婚。
就在试婚纱的那一天，莉莉才发觉这些根本不是她所要的，于是她飞也似的回到律师办公室对爱德华表白，并要求这段长久关系以来的第一次。
爱德华要她坐在桌子前，双手贴在桌上，双脚贴在地上，等他回来。莉莉乖乖照做，爱德华离开后躲在屋外凝视着莉莉，悲伤地说着：「其实，我也喜欢你。」
最终，爱德华还是通知彼得来带走莉莉，彼得将莉莉抱离椅子，却被莉莉挣脱，莉莉立刻坐回桌前，并赶走了彼得。
爱德华虽然回到家中，心里却还是挂念着只身坐在办公室的莉莉，她在椅子上一动不动、不吃不喝地坐了三天，莉莉的事件上了新闻，最后，爱德华终于出现，带走了莉莉，两人最后结婚了，过去的关系依旧持续着。
「秘书」这个职业的社会形象有时候充满了遐想与暗示，秘书多半是女性，而老板也多半是男性，秘书料理老板的大小琐事，掌握老板的生活习性，并且必须绝对听从于老板，秘书是老板一年中接触时间最长的女性，朝夕相处之下，日久生情是时有所闻。
再加上剧中，莉莉是一个需要以自残来获得快乐与解放的女孩，而爱德华应该是强迫症患者，他需要四周的事物都合乎他的规范与掌握，久而久之就会造成对做错事的秘书精神上更进而是生理上的虐待。爱德华的妻子与先前的秘书皆忍受不了而离开他，直到莉莉。
《秘书》的巧妙之处在于，整部片充满着黑色幽默的氛围，将爱情的感觉掌握得很好，而且不只是流于描述施虐者与被虐者他们「喜欢被对待的方式」而已。这部片很细微地探究了在这样的关系下产生的深厚感情究竟来自于何处，这让我们清楚的知道，没有一对爱侣的产生只是单单因为「怪癖」相投，两个人能共同分享最甜蜜的黑暗面，那是因为其中都是爱！
我很喜欢里面女主角莉莉说的一段话：「无论如何我似乎永远都在受折磨，我不知道为什么会这样，但是现在，我不再害怕那些受伤的感觉了。我找到能与我一起经历这些的人，以我觉得对的方式爱着，我希望他知道，我了解他此时内心也是同样的煎熬。」
这段莉莉穿着婚纱却逃婚，进行有点搞笑的办公室绝食运动时的内心独白，让我觉得很感动。