陈子龙是一个孝子，所以他最终还是决定要为了祖母活着，其实这也就意味着，一旦祖母不在了，他便会毫不犹豫地以身殉国，他后来也是这样做的。不过，这是后话。为了躲避清军对抗清义士的追杀，保存自己，陈子龙被迫到嘉善西北三十里的水月庵出家为僧，出家后子龙改名为信衷，字瓢栗，号颍川明逸，与他一同来此避难的还有太仓的张采，复社的创始人之一。此后的一大段时间里，他都在侍养祖母高安人。顺治三年（1646年）三月，高安人病逝，在料理完祖母的丧事之后，陈子龙没有了后顾之忧，他终于可以一心一意地为国家贡献自己的力量了。从此他便在袈裟的掩护下继续战斗。
由于陈子龙曾经做过绍兴府的推官，而他的老师黄道周在福建隆武政权中是首辅大学士，所以他和绍兴、福建两个南明政权都保持有密切的联系。据《明末忠烈纪实》记载，绍兴的鲁监国授陈子龙兵部尚书节制七省漕务，隆武帝则授他兵部左侍郎兼左都御史之职，当然，这些只是空的头衔而已，失地没有收复，陈子龙又到哪行使职权呢？
这年年末，看到国家丧乱、人民流离失所，陈子龙仿杜甫的《同谷七歌》写了《岁晏仿子美同谷七歌》，在诗作中他融入了整个时代的悲哀、国家的不幸。其中，他写到北京的陷落、祖母高安人的病逝、老师黄道周的殉国、好友夏允彝的自沉，无一不充满哀伤。最后“一歌”他留给了自己，用意很明显，他也要像他的老师、朋友那样，把自己的生命献给国家。
然而虽然陈子龙已遁迹于水月庵中，那些已经投降清朝的人们并没有放过他。首先来叨扰的是松江知府张铫。张铫是崇祯朝的一名举人，清军入关后便投降了清朝，顺治二年（1645年），他便成了松江府的知府。他来找陈子龙，无非是看中陈在江南文人中的声望，想要靠近乎陈而已。对此，陈子龙以信衷和尚的名义写了一封信给张，说自己并不是什么亡国遗臣，只是水月庵中的一个和尚，婉言谢绝了张铫的礼聘。
接着分巡松江兵备道赵福星又来到了水月庵，这个赵福星的官要比张铫大，气焰自然也比张更嚣张，如果说张铫还算是请的话，到了赵这似乎没有商量的余地了。然而陈子龙也拒绝得更为决绝，他是不可能在这些人面前屈服的，在拒绝赵福星的信中，陈子龙明确说自己只希望做一个出家人，在暮鼓晨钟中消磨自己的余生。当然，这只是陈子龙的掩饰，国家尚未恢复，他还有更重要的事情要做。