虽然已经卸任，但在台湾地区政坛，马英九仍是非常有影响力的人物，他除了担任过国民党主席外，还出任过两届台湾地区领导人。按照马办公布的行程，马英九于3月27日至4月7日赴大陆祭祖，并率领30位岛内青年学子前往大陆交流。
据媒体报道，临行前，马英九在台北桃园机场发表简短讲话，称虽然这是自己第一次赴大陆访问，但事实上，从37岁开始，他就在相关部门负责处理两岸事务，今年都73了，等了36年终于有机会出访大陆，虽然时间久了一点，但很高兴能去。
马英九此次来大陆，主要是清明节到祖籍湖南祭祖。或许，也是意在提醒岛内民众，我们是台湾人，但更是中国人，因为我们的根在大陆。不可否认的一点是，马英九来大陆的这个时间点，还是比较敏感的，它与两件事多多少少还是会扯上一些关联。
第一个，是两天后台湾地区现任领导人蔡英文，即将窜访中北美“友邦”，并过境美国。
客观讲，虽然美方辩称“这是惯例”，“大陆不应借此在台海做出激烈反应”。但是，美方此举严重干涉了中国内政，却是不争的事实，因为蔡英文作为“台独”分裂分子头目，此行的目的，用汪文斌的话来说，就是“过境”是假，谋求“突破”、宣扬“台独”才是真。
也正因为如此，即便中国大陆在台海做出反应，也是正常的。只不过，在国家统一问题上，大陆是将和统放在第一位的，不希望两岸兵戎相见。
因此，马英九此时登陆，某种意义上，也是与“蔡英文窜美”做政治对冲，降低其带来的消极影响。从马英九此行选择的几个出访地来看，除湖南是祖籍外，南京、武汉、重庆和上海，都是当年民国时期的重镇，所引发的关注效应，恐怕不是蔡英文窜美所能比拟的。
另外一个，近段时间，美国在台湾问题上加大了挑衅的力度，令台海局势更趋紧张，马英九因为身份特殊，他的登陆，或能有效缓解两岸紧张态势。
因为对美国来说，台当局不过是一颗“棋子”，即便引爆台海，美国也能站在幕后，让台当局充当“战争代理人”，去消耗大陆，如果出现这样的结果，对两岸当然是不利的。
从这一点来说，马英九此次带青年学子访登，增进岛内青年一代对大陆的了解，并达成交流和沟通，是意在为维护两岸和平尽心出力，这与民进党勾结外部势力，企图“以武谋独”，是完全相反的。对此，大陆国台办也表示欢迎，并称将提供必要的协助。
但台当局却一直在出面干扰。先是表示马英九虽然过了出境管制期，但访前和访后，必须到相关部门报备。之后，台陆委会又提醒他，必须注意自己的言行，希望在“对等尊严”前提下交流，不希望马英九被矮化或被利用做统战。或许，这也正是马英九的行程中，没有北京的主要原因之一吧。
查阅相关资料发现，在台湾地区正副领导人中，马英九是极少数没有来过大陆的。李登辉曾自曝，早在20岁前就到过青岛；陈水扁担任“立委”时，于1991年到过北京，并在天安门广场留影；1998年汪辜会谈时，蔡英文也到过北京和上海。
副领导人中，连战来过大陆十几次，吕秀莲曾于1990年回福建祭祖，马英九的第一任副手萧万长，2008年参加过海南博鳌论坛，第二任副手吴敦义，也曾四度登陆。
而马英九虽祖籍在大陆，但出生在香港，之后随父母到台湾，从未到过大陆。也正因为如此，他才发自内心表示，“很高兴能去大陆”。祭祖是中国人的传统，希望马英九先生此次大陆行一切顺利。