1、如何申请三方协议？
（1）增加或维护银行信息：请在电子税务局主页点击：【我要办税】—【综合信息报告】—【制度信息报告】—【存款账户账号报告】，核对银行信息，若没有银行信息或者信息不对都需要先增加或者维护银行信息；（如果银行信息都没有问题可不用操作第一步）（2）签订：【我要办税】—【综合信息报告】—【制度信息报告】—【网签三方协议】， 新增—选择银行信息点击确认—自动带出清算银行行号、开户银行行号，选择批扣标志（若需要扣社保请选择：所有批扣），填写办理人员身份证件号码—保存—下一步—会看到一个回执，点击关闭—重新返回到网签三方协议页面—选择未验证的协议—点击“验证”—协议状态显示“验证通过”后协议即签订成功。
2、增值税留抵退税在哪个模块操作？
完成增值税一般纳税人申报时，系统根据纳税人申报情况对纳税人是否适用增量留抵退税政策进行预检，如符合增量留抵退税条件（有增量税额，非先进制造业存在连续六个月增量且最后一个月大于五十万，先进制造业的有增量即可），系统提示纳税人是否进行增量留抵退税。若无需进行增量留抵退税可点击“暂时放弃增值税留抵退税”按钮，系统跳转至扣款界面，若不主动点击“暂时放弃增值税留抵退税”按钮，系统倒计时结束之后，页面跳转增量留抵退税申请。如申报时没有办理留抵退税，则可以通过电子税务局【我要办税】—【一般退抵税管理】—【增值税制度性留抵退税】或【集成电路及大型客机和新支线飞机企业留抵退税】办理。
3、企业所得税汇总纳税企业总分支机构信息备案在哪里操作？
第一步：请先点击电子税务局【我要办税】—【综合信息报告】—【身份信息报告】—【总分支机构信息变更】，在该模块查询是否需要新增分支机构信息。如果未带出该家分支机构，请先完成新增（如已经有了不用再操作）。第二步：请您通过电子税务局【我要办税】—【税费申报及缴纳】—【申报辅助信息报告】—【企业所得税汇总纳税企业总分支机构信息备案】模块完成企业所得税总分机构汇总备案。
4、如果当期进项税额大于销项税额(包括由于开具红字发票导致当期销项税额为负数的情形)，无法抵扣的进项税额是否可以在以后抵扣？
如果当期可以抵扣的进项税额即第17栏“应抵扣税额合计”大于第11栏“销项税额”，则第18栏“实际抵扣税额”等于第11栏；超过部分（第17栏减第18栏）会自动带入到第20栏“期末留抵税额”，留待以后进行抵扣，没有抵扣期限的限制。提示：已经认证相符并且符合抵扣条件的专票应当在认证当期填入附表二的第1、2行，不能因为当期进项大于销项就不申报抵扣。
以上内容仅供参考，具体咨询主管税务机关。