至正二十一年（1361年）正月，由于朱元璋于龙江—龙湾之战中击败陈友谅并乘机西进的巨大功绩，龙凤政权授予了朱元璋吴国公这一爵位。朱元璋在江南行省平章的官职上被加授吴国公的爵位，这不是单纯意义上的升赏。加授吴国公意味着朱元璋可以在龙凤政权这一母政权下，建立“吴”这一子政权，迈出了自立过程中的关键一步。
朱元璋也确实抓住了这一机会。他利用对属下封赏的时机，对机构进行了一系列调整。正月，朱元璋升佥院邓愈为中书省参政。二月初一日，大规模的机构调整开始了。行政方面，朱元璋改分枢密院为中书分省。这一调整让朱元璋集团更加靠近一个政权，也进一步明确了治所位于应天的江南等处行中书省中央，与占领的地方之间的行政隶属关系。
军事系统方面，朱元璋在三月改枢密院为大都督府，枢密院同佥朱文正为大都督并节制中外诸军事，李善长则以中书省参议的身份兼司马事。与此同时，枢密院同知邵荣正式得到了中书省平章政事这一和加授吴国公前的朱元璋几乎对等的职务，常遇春则得以升为参知政事。从邵荣的升迁不难看出，他此前在龙江—龙湾之战中确曾立下了关键性功劳，也得到了应有的封赏。当然，这也是朱元璋出于平衡集团内派系的考虑。对常遇春的升赏则是对自己亲信的提拔。到了四月，李善长也由中书省参议升为参知政事，能够更为名正言顺地辅佐朱元璋。
在中央，朱元璋除了对官署机构和人事任命进行调整外，还建立了一系列针对民间的制度。同样在至正二十一年（1361年）正月，朱元璋开始建立盐法，实现对食盐的专卖，置局设官，开始从商人那里以每二十分取一的比例抽取利润，以资军饷。随后，朱元璋又于二月建立宝源局，以求进一步健全对货币的铸造。宝源局奉命铸造了“大中通宝”钱，仍旧与历代铜钱相兼使，规定四百为一贯，四十为一两，四文为一钱，当年共铸钱四百三十一万。确定了从食盐中抽取利润后，朱元璋又将目光对准了茶叶。他在设立宝源局后又建立茶法，规定商人买茶后，需要将所买数目向官府报告，纳钱请引后，方能出境交易。每一引包含茶叶一百斤，需纳钱二百。如此，朱元璋通过对茶叶经营的垄断，也能够从茶叶买卖中抽取相对稳定的利润。通过这一系列政策，朱元璋能够从控制区内得到稳定而充足的军饷，这也是他不同于其他割据势力之处。而稳定的后勤供应也是朱元璋最后能够从群雄中胜出的一个关键性因素。
最后，朱元璋进一步完整了地方政权的建设。在地方政权建设中，朱元璋又特别着眼于和张士诚交界的东线。至正二十一年（1361年）五月，朱元璋以枢密院同佥胡大海为中书分省参知政事，镇守金华。同佥枢密院事李文忠则奉命于严州筑城防守。六月，面对永兴翼元帅耿炳文以“其地邻敌境，乞留广兴翼兵相为应援4”的请求，朱元璋将之驳回，命耿炳文“练饰军士，自为镇守4”，这显然是要地方拥有足以独自对抗敌人的力量，不能过度依赖外援。事实证明，朱元璋的这一系列举措对于稳固地方起到了非常良好的作用。后来在朱元璋西征江州期间，东线频繁的叛乱之所以没有最终酿成大祸，应该说与朱元璋这一阶段对地方的建设是有分不开的关系的。
到了八月，一切内部安排都已经进行得差不多了。又由于此前七月陈友谅以张定边攻破要地安庆，愤怒的朱元璋杀掉了逃回的余元帅。最终，朱元璋决定以更大的军事胜利来证明自己，于是发动了亲征江州之战，以求进一步打击陈友谅。
八月初，朱元璋先遣使前往汴梁与元将察罕帖木儿通好，稳住了北方。然后，八月初六日，邓愈率军攻克浮梁，陈友谅守将侯邦佐等弃城而逃。院判于光再攻乐平洲，击败陈友谅手下总管萧明，生擒万户彭寿等六十余人。随后，朱元璋在得到李明道带来的陈友谅内部的情报后，于八月十二日亲率舟师出龙湾讨伐陈友谅，徐达、常遇春等重要将领都跟随出征。
根据俞本《纪事录》中的记载，朱元璋此次出征“海船五十余帮，大者可容千人，小者八百人，船五只为一帮，惟上所乘船容一千三百人”。在这规模宏大的舟师中，有风斗船五十余只，还有平口浅船载有马匹、粮赏、军器跟在最后。另外，朱元璋还选出轻便快船，命伶俐官军乘之作为前锋。“船列百余里，涂粉为号，画黑云板旗钉于船尾”，军士所立之处，都写上姓名，称为“信地”，不得擅离，否则一律斩首。一时间，“旌旗蔽天，衣甲曜日，金鼓之声震于远近”。其中，朱元璋所乘大船尤其特殊。在这艘船上，一面大蓝旗悬于中桅，上面缯有“奉天”二字；又悬黄号带于旗端，上书“奉天征讨，纳顺安民”；又以大蓝旗上制红色“美”字，悬于二桅上。朱元璋如此声势浩大地征讨陈友谅，且如此布置自己的座船，很明显已经以天下正统自居，要讨平一切割据势力，实现海内的统一。
这里还要提到一个人，那就是傅友德。
朱元璋亲率舟师先以绝对优势二度攻克安庆，然后进至彭泽县小孤山，原属蜀主明玉珍的将领傅友德归降了朱元璋。傅友德在元末跟随山东李喜喜起兵，转而进入四川地区。李喜喜失败后，傅友德转投明玉珍手下，但明玉珍不能任用。于是傅友德又走武昌投奔陈友谅，然而陈友谅更为过分，不仅不能任用傅友德，还将他羁押起来。愤懑不已的傅友德在朱元璋西征至小孤山时，抓住时机投入朱元璋账下。朱元璋知道傅友德的能力，对他的归降非常高兴，便“用为将”。后来傅友德在北伐和平定四川中都立下大功，证明了朱元璋的眼光。此外，傅友德的归降还有另一个重要作用，就是进一步给朱元璋提供了此时陈友谅方面的情报，让朱元璋能够决策长驱直入。
本文摘自《朱元璋的正面与侧面：侍卫亲兵眼中的洪武大帝与明初史事》