明太祖初定天下，于洪武十三年（1380）把军事最高指挥机构、节制中外诸军事的大都督府拆分为中左右前后五个都督府，即合称五军都督府，名义上全国兵马都归其统辖，但兵部负责军政，又管辖武将升降，实际上形成了兵部、五军都督府互相牵制的局面。
地方上，洪武十七年（1384）正式确立卫所制。地方要地设一卫，一卫5600人；一卫辖五个千户所，一个千户所1120人，千户所之下又分百户所、总旗、小旗等。地方卫所归各省都指挥使司管辖，各省都指挥使司则归五军都督府、兵部管辖，层层分工，大权则操于圣上。
但是，佥妻不能从根本上杜绝军户逃亡。“一人之身，既以当军，又以应役，一石之米，既以养家，又以奉将”（《明孝宗实录·卷一四五》）加上将吏勒索军户“有征办则十倍需索，或占为从人，或使纳月前，或纵其买卖，或侵其月粮，或减其冬布……致官士短于衣食，不顾妻子脱身窜逃”（《明宣宗实录·卷一零九》）因为盘剥得厉害，所以出现了抛妻弃子的情况。
首先如果是单身汉怎么办？由此出现了第一个变化，即从无妻解本身到娶买军妻。
正统朝 “凡解军丁……无妻小者，解本身。”（《明史·兵志》）可见至少在明英宗正统年之前，如果是单身汉赴卫戍地，因为在卫戍地受到将吏盘剥，名为卫所军士，实际是劳役；不仅入不敷出，反而累死累活的耕作、训练；国家也不管其婚姻，所以军户没有牵挂，想逃就逃。慢慢地国家认识到了这点，所以国家帮他娶买军妻。《明孝宗实录·卷一六三》“事定之日，仍给官钱与娶妻室”，此条明确记载在“弘治十三年六月甲午”，所以可证明至少在弘治十三年以前就已经出现了官钱买妻配与军户之事，孝宗皇帝遵循旧例而已。
1.给国家造成大量经济负担。国家给军户买军妻，妻子又随军卫戍，这样会花费国库大量银钱，因为军士和妻子从原籍到赴任卫所一路上吃穿用度皆由国库开销，“军妻雇觅，盘缠靡费原卫用银六七十两，近不下三五十两”。（《东园文集》），一人如此，全国卫戍多少万人啊，如此算下来，仅买妻和赴卫所一项那国库开销何其巨大。
2.连累无辜。明代以本地里长充任长解（押送卫戍军士的管理者），长解对这些卫戍军士“先为娶妻，备赀装，事之如严父，防止如大敌”（《万历野获编》），给长解造成了严重的负担，他们不仅要帮助这些军士婚娶，还要严防他们半路逃窜，一旦军户逃亡，必然受惩罚。刘邦不就是这么起的义吗？虽然明代法律没秦代那么严苛，但惩罚还是有的。
对军妻来说，既然是国家分配给军户的女子，这些女子自然出身贫穷，或是因家属犯罪而到连累的罪犯之女。分配给军户做妻子，双方又无感情，一旦军户逃亡，受苦的还是军妻：“每一军逃，即遗弃所买妻小，（妻小）流落乞丐，冻饿而死”（《议兵志》）。
佥妻本是出于一种美好的愿望，希望以家庭、情感等束缚住军户，希望军户不要逃亡，以维持明朝基本军制。但佥妻不能从根本上杜绝军户的逃亡，军户逃亡则意味着制度不稳。军队作为一个国家最重要的力量，一旦军队不稳必然影响国家生存。卫所制下，耕战合一，一旦疏忽训练就是兵士战力的下降，军户逃亡又造成兵源短缺，结果就是内不足以镇压草寇，外不足以维护国权，最终在内外夹击，内忧外患下，明王朝轰然倒塌了。
关于佥妻制度的实行还有一个重要原因，明朝为了保证兵源，要求军户世袭，看似很美好的佥妻制度，当兵可以让妻子随行，没钱娶妻的单身汉，国家还帮你娶，简直就是包分配了。佥妻一定程度上就是为了保证军户的繁衍，保证兵源的充足。但是有一个问题，国家给你分配的是妻子，完全强制婚嫁，不顾两人的感情，这样的婚姻会幸福吗？所以军士其实并无牵挂，一旦将吏盘剥加重，超过了军士的承受范围，军士会义无反顾的逃窜。这也是为何佥妻不能解决逃亡的原因。