康熙二十四年（1685年）大清决定要跟北方的俄国干一仗，为打这一仗已准备了三年。此时的天朝绝谈不上兵强马壮国库充裕，前几年刚平定三藩、收复台湾，耗费了不少银子，钱袋子比脸还干净，按说是该休养生息的。
从威胁程度来说，北方俄国远不如西边的准噶尔汗国威胁大。噶尔丹先后灭掉了哈萨克和叶尔羌，准噶尔骑兵所向披靡，传承了蒙古骑兵骁悍战斗力，这让同样马背上打天下的满清如坐针毡、如芒在背，仿佛看到自己当年的影子。
康熙下决心打这一仗并不容易，毛子在边境愈渐猖狂，若不收拾一下给点颜色瞧瞧，一来土地继续被蚕食，二来天朝面子挂不住。所以这一仗必须打，还要打出气势，打得漂亮。解决了北方的隐患，才能腾出手专心致志对付准噶尔汗国——这是后话了。
康熙任命满洲正红旗人彭春为统帅进攻雅克萨。为一仗大清抽调了3000兵力：驻守瑷珲的黑龙江将军府出兵2000名，其中1500名满族士兵，500余名达斡尔土著士兵。从北京调来了500名八旗兵，八旗兵可是康熙压箱底的“中央军”，千里迢迢送去打俄国人，可见对这一仗的重视度。另外，还有500余名藤牌兵，这是一支穿着怪异的奇兵，现在被一些网友称为大清的特种部队。
据史料显示，这500藤牌兵主要由台湾人组成。施琅收复台湾后，如何处理郑氏王朝军队成了一个问题。解决办法大致可用四个字来形容“关停并转”，一部分军人发点补助退伍回家种地，一部分打散并入清军，还有一部分转到大陆来，这些藤牌兵就是从台湾转到大陆来的。
雅克萨城的总督叫托尔布津，此人的当官轨迹可以总结为“一路向东”：他先在西伯利亚地区的托博尔斯克当总督，后来又调到尼布楚当总督，1682年才调到雅克萨当总督。
花了20多天，彭春领导的3000大军来到雅克萨城下。相较于雅克萨的兵力，清军3000人确实可以称之为“大军”，因为雅克萨的俄国兵只有450余人和3门大炮。
彭春向托尔布津下最后通牒，迅速撤离，要不然就开打——“若仍执迷顽抗，则大兵进剿，将雅克萨城毁尽杀绝，彼时追悔莫及矣”。
托尔布津很顽固，他仗着雅克萨城坚固难破，对最后通牒置若罔闻，拒不撤离。
这时候俄方乘船而来了一小队哥萨克人增援雅克萨，彭春派出藤牌兵截击敌人。这些台湾藤牌兵水性好，一个个赤身裸体跳入江中，右手持刀，左手将藤牌顶在头上，踩水前进。哥萨克人没见过这阵仗，惊呼“大帽鞑子”，他们把藤牌当成了清军的帽子。哥萨克人齐齐放箭，都被藤牌挡住了。藤牌兵游近哥萨克人的小船，在水下一通乱砍或直接掀翻小船，船漏水了、翻船了，哥萨克人纷纷掉入水中。这一幕类似于梁山泊水军戏耍朝廷军队。
史料记载说，这一场水战哥萨克人损失半数（可能多事淹死的），而藤牌兵没有一人死亡。游牧民族基本是旱鸭子，在这一战体现十分明显。
当天晚上清军发动总攻，40余门红衣大炮大显神威，分成三批围攻雅克萨城，一批大炮摆在城北开火，一批大炮摆在城东开火，一批大炮摆在城西的古城岛上（古城岛是黑龙江上的一个岛，现在属于漠河兴安镇管辖）。俄国人困在城里抱头鼠窜，遭轰死了不少人。用阎崇年的说法，俄国神甫举着十字架祈祷上帝怜悯，也无济于事。
清军在红衣大炮的助阵下攻了一夜，雅克萨城的三面都被打烂了，俄军死伤惨重。托尔布津无可奈何，只好向清军投降了。
在受降仪式上，托尔布津口头发誓决不再返回雅克萨，决不再侵扰当地居民。被俄国人抓去干苦力的一百多达斡尔人释放回家了。
按照康熙事先的圣旨，为表天朝宽厚“勿杀一人，俾还故土”，因此彭春允许雅克萨的700多俄国居民带上自己的财物返回俄罗斯，并且还为他们提供了马匹和路上的口粮。
其中有40多个俄国人不愿回国，想留在大清，他们后来被编入镶黄旗满洲都统第四参领第十七佐领，这支部队主要是满蒙汉等民族的混血儿组成，驻防在北京东直门一带。
朝廷甚至还给这些俄国人安排了老婆，主要是那些死刑犯的遗孀，他们的后裔在当时被称为“阿尔巴津人”，阿尔巴津是俄国对雅克萨的称呼。
阿尔巴津人作为一个少数民族在北京一直延续着，人口曾经达到上千人。在义和团运动中，阿尔巴津人被当做洋人，有200多人被拳民杀死了。
1875年，俄国后裔阿尔巴津人
解放后的民族识别工作，阿尔巴津人划归为满族。当年中苏关系蜜月时期，苏联还拨了一笔款子专们为阿尔巴津人修了集体公寓。
且说俄国人撤离雅克萨后他们并不甘心。莫斯科克里姆林宫里充斥着低气压，经营了20多年的雅克萨就这么丢了，雅克萨城被红衣大炮轰得稀巴烂，高傲的俄国人无论如何咽不下这口气。索菲亚公主拍板，调派600名军人奔赴尼布楚，准备反扑雅克萨。
那时候俄国第一沙皇是伊凡五世，第二沙皇是彼得一世（彼得大帝），俩人都是小孩子，实际上摄政的是他们的姐姐索菲亚公主。能派出600名军人已经很不容易了，俄国正在联合奥地利和波兰对付奥斯曼帝国，大搞特搞，打第二次俄土战争，地主家也没余粮。
彼得大帝亲政后将索菲亚公主幽禁在修道院中
俄国人撤离雅克萨仅仅一个月后，尼布楚总督派一支小队前往雅克萨侦查，他们发现清军已经离开了。尼布楚总督马上兴奋起来，与那个失败者托尔布津一商量，决定重返雅克萨。
1685年9月份，索菲亚公主派出的600名军人已经就位，托尔布津带队返回雅克萨。他们重修工事与军营，储备粮食物资，挖掘水井，准备长期固守。
当地达斡尔人看见沙俄匪徒又回来了，快马飞报到黑龙江将军府。黑龙江将军萨布素上奏康熙：“罗刹复来雅克萨，筑城盘踞，臣请于冰消时，督修船舰，亲率官兵，相机进剿。”大兴安岭漠河地区冰消之时，那起码得等到来年初夏时节了。
康熙颁布圣谕说，要赶紧剿灭，不然他们囤积粮草加固工事后，再剿就不容易了。
1686年7月份，黑龙江将军萨布素率领清军水陆两路2000余人马进逼雅克萨。清军在古城岛设立大本营，对雅克萨采取围攻之势。托尔布津吸取了第一次惨败经验，不能再龟缩起来固守，他指挥军队先后五次主动出城攻击，均被清军打退回去了。
清军完全控制了黑龙江，切断俄国援军通道，同时也切断了雅克萨城内的水源。再搬出红衣大炮又是一通猛轰，俄军死伤累累。托尔布津被飞来炮弹击中，右腿崩的老远，血如泉涌。四天后，托尔布津因伤势过重，不治身亡了。
这次俄军的精气神和战力确实比第一次强太多，他们虽然损失惨重，清军却总是攻不下来，就像一个铁疙瘩，老是劈不开。攻不下来那就不强攻了，清军做好了打持久战的准备，将雅克萨包围死死的，总会消耗你油尽灯枯。这一围就围了将近一年！
最终雅克萨城800多名俄军只剩下了66人，大多战死或受伤不治病死，雅克萨岌岌可危。俄国此时与奥斯曼帝国战事如火如荼，不可能腾出手在东方发动大规模战争，便派出使者到北京议和。
双方战事停止了。清军入城救治伤员，给俄国人发放粮食，帮忙安葬战死人员。完成一系列动作后，清军从雅克萨撤走了。
1689年9月，康熙派重臣索额图来到尼布楚，与俄国人谈判两国边界问题，消除边界纷争。跟随索额图到尼布楚的还有一万大军，向俄国露肌肉宣扬国家军力。
谈判结果双方订立了《尼布楚条约》，两国以额尔古纳河、格尔必齐河、绰尔纳河与外兴安岭为界，清楚明晰边界互不侵扰。
《尼布楚条约》划定的疆界维持了150年之久没有更动。大清朝认为这是外交史上的一大胜利，俄国也认为这是他们外交史上的一大胜利。
现在的尼布楚小镇风光（俄国名叫涅尔琴斯克）
现在的雅克萨小镇风光（俄国名叫阿尔巴津诺）