建文四年，朱棣在李景隆的帮助下，大开南京城门，恭迎朱棣靖难之师，造成了明初第一次宗系转移。也意味着被取代宗系的悲惨命运。
即使朱标作为朱棣长兄，其妻儿子女如南北朝那些手足相残的宗室一样，仍然没有逃过朱棣的魔掌。
朱标有五个儿子，分别是朱雄英，朱允炆，朱允熥，朱允熞，朱允熙，两个妃子，一个是常氏还有一位是吕氏。
除了我们熟知的朱允炆在南京城破后不知所终外。
长子朱雄英，常氏所生，朱标嫡长孙，比朱允炆年长了三岁，可是八岁的时候早夭。
朱允熥被分到了杭州，朱棣上位以后被降为广泽王，后又被贬为庶人，被囚禁，后不知原因地身亡。
朱允熞的下场和朱允熥相似，被降为怀恩王，又被贬为庶人，几年后身亡。
朱允熙和母亲吕氏被贬去守朱标陵墓，看起来是下场最好的一个，可不久之后他们的居所发生火灾被烧死。
“最是无情帝王家”在明初的一场内部争取大戏中再次上演。
其实朱标在世时，颇为爱护兄弟。
洪武后期，朱元璋大杀功臣，兄弟子侄稍有犯错也严加管教，但因为朱标受宠，在他和马皇后对朱元璋的劝谏下 ，很多大臣亲属性命得以保全。也因此朱标在朝中和兄弟们中威望甚高，堪称历史上地位最稳固的皇太子。
天有不测风云，洪武二十五年，朱标在视察陕西回来后因风寒病逝，成为历史上又一位未及继位而早夭的皇太子。其父朱元璋出于宗室法统和对他的个人无上宠爱，立其子朱允炆为皇太孙。并连续发动多起大案，为其扫清登基障碍。
至洪武三十一年朱元璋去世前，明初开国功臣中只剩下耿炳文和汤和，在他看来：汤和与自己关系最为亲密，年少时对自己有大恩；耿炳文善守，可为太孙所用。
但正如朱元璋晚年说“朕以御虏付诸王，虏不靖，诸王御之”时，朱允炆回的
诸王不靖，孰御之？
一样，一语成箴。
没过多久朱元璋去世，朱允炆继位，是为建文皇帝，登基后赈灾免赋平反，一气呵成，成为当时百姓翘首以盼的明君。
但志得意满的他很快在身边近臣齐泰、黄子澄的建议下着手削藩。由弱及强，周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被杀。
削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。
湘王柏惧，无以自明，阖宫焚死；
齐王被软禁在南京；
代王被软禁在封地大同 。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州 。
到朱棣时，因为建文帝的步步紧逼，加之身边姚广孝的形势分析，靖难之役正式开始，1398年（建文元年）始，到建文四年朱棣攻破南京而结束。
城破之际，建文帝逃出皇宫，和他一起消失的还有其长子朱文奎。其妻马皇后死于皇宫大火，次子朱文奎被朱棣长期幽禁于中都凤阳，号建庶人，两岁囚禁到五十多岁，直到英宗复辟后，遥想自己八年南宫生涯才放了他，不知牛马为何物，没过多久去世。
朱标一系又一次成为皇权斗争牺牲品，其妻儿子孙，或被囚、或被杀、或离奇死亡。