1983年8月，王震将军对左宗棠的曾孙说道：“史学界最近做了一件有意义的工作，对左宗棠做出了正确，客观地评价……收复新疆的功劳不可泯灭”。无独有偶，毛主席也曾经说过：“没有左宗棠，新疆之事难说”。
新疆古称“西域”，公元前101年，西汉在此地设使者校尉。公元前60年又在轮台设置“西域都护”，此后历代中央王朝都在此设官建制，进行有效地治理。
安史之乱后，唐军退出西域，直到乾隆二十四年，兆惠率领清军平定天山南北，中原王朝才重返西域。乾隆取“新附旧疆”之意，将这片160万平方公里的土地命名为“新疆”。
为了缓和民族矛盾，乾隆不仅实行了轻徭薄赋的政策，还保留了当地原有的“伯克制度”。伯克是突厥语“贵族”的意思，明朝以后成为“官职”，掌管当地的行政、司法、税务等民事事务。
新疆自然环境恶劣，历朝历代经营西域都依靠东南“协饷”。乾隆盛世时，每年调拨四百万两白银并不是难事，可随着大清帝国的衰败，新疆越发成了沉重的负担。
鸦片战争后，国内社会矛盾尖锐，爆发了著名的“太平天国起义”，在太平军的带动下各地反清运动此起彼伏。清政府为了平乱，屡次削减新疆的军费，到了1862年，干脆彻底断绝了新疆的协饷。为了筹措军费，新疆当局不断向地方摊派，而伯克乘机渔利，“大臣要米一石，伯克则派百石”。
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终于在1864年，一群无力缴纳赋税的维吾尔族农民在库车发动了暴乱，起义迅速烧遍整个新疆。尽管起义颠覆了清政府在新疆的统治，但领导权却落到了大小伯克手中，并形成了北疆的妥明，南疆的思克、金相印等割据政权。
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伯克们之间的混战为阿古柏的入侵提供了可乘之机。1864年，金相印因久攻清军固守的疏勒城不下，转而向中亚的浩罕国求援。次年，浩罕国汗王在英国的支持下，派阿古柏带和卓后裔侵入新疆。
借着和卓的宗教影响力，阿古柏迅速攻灭了南疆的割据势力，其中也包括将其请入南疆的金相印，公然建立了“哲德沙尔汗国”。1870年，阿古柏又派兵北上，攻陷了乌鲁木齐和吐鲁番盆地，消灭了妥明政权，至此整个南疆以及北疆的大部分地区都落入阿古柏之手。
阿古柏的入侵带来了一系列的连锁反应，其中最严重的当属沙俄趁机强占伊犁地区。从19世纪中期以来，沙俄希望能够南下获得出海口，而英国为了保住在印度的利益，双方在中亚展开了激烈的竞争。
1871年夏天，为防止英国人支持的阿古柏势力进一步扩大，同时也为了侵入新疆，沙俄打着替清政府“安定边境秩序”的旗号，出兵占领了新疆，并向清政府保证：“代为收复，权宜派兵驻守，俟关内外肃清，乌鲁木齐、玛纳斯各城克复之后，即当交还”。
然而面对沙俄军队的入侵，清政府当即派出伊犁将军前去交涉，但是俄方决口不起交还伊犁事宜，反而提出了赔偿俄国“损失”、重新划定两国边界，新疆全境通商等无理要求。
此时的清政府已经到了焦头烂额的地步，国家刚刚经历的太平天国之乱，西北的叛乱还未彻底平定，偏偏这时日本侵台又让东南海防告急，于是清廷内部就“海防”与“塞防”展开了大辩论。
主张海防的李鸿章提议放弃新疆，全力应对列强的侵略。身为陕甘总督的左宗棠则坚持海防、塞防并重，建议在列强未在东南挑起战争之前，先集中力量收复新疆。
清政府权衡利弊，最终决定支持左宗棠，任命其为钦差大臣督办新疆军务。1876年3月，经过充分的准备，左宗棠兵分三路进军新疆。谁也没有想到，仅用半年的时间就收复了北疆大部分地区。
1877年春天，清军乘胜追击，在达坂、吐鲁番和托克逊等地取得大胜，5月在库尔勒迫使阿古柏兵败自杀。次年1月，清军又收复和田，处决了金相印。至此，左宗棠收复了新疆除伊犁以外的全部领土。
1881年，在左宗棠的武力后盾支持下，曾纪泽经过艰苦卓绝地谈判，终于收回了伊犁。1884年，在左宗棠的多次提议之下，清政府在新疆改设行省，进一步加强了中央对新疆的管理，从此再也没有什么力量能将其从祖国版图中分裂出去。收复新疆是晚清历史上最扬眉吐气的一件大事，左宗棠因此被梁启超赞为“五百年来第一伟人”。