康熙二十七年（1688年）前后，准噶尔汗国的势力达到了巅峰，噶尔丹也向大清王朝和康熙皇帝发出了挑战。
康熙九年（1670年），对于噶尔丹和整个漠西蒙古准噶尔部来说，是一个非常重要的转折点。
这一年，当时准噶尔部首领，噶尔丹的哥哥僧格被杀，准噶尔部陷入四分五裂的状态，就是在这样极度困难且敌众我寡的情况下，噶尔丹率领仅存的力量，短时间内就重新将僧格的旧部收服，重新统一了准噶尔部，同时他也成为了僧格的继任者，成为了新的准噶尔部首领。噶尔丹也以此为起点开启了他的征服之路。
康熙十五年（1676年），噶尔丹在达赖喇嘛的支持下，打败了和硕特部确立了准噶尔在漠西蒙古四部的领导地位，就此建立准噶尔汗国。
康熙十七年（1678年），噶尔丹挥师南疆，横扫由维吾尔人建立的叶尔羌汗国，进而统一了整个新疆地区。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹趁着喀尔喀蒙古内战，突然率兵越过杭爱山，进而降服了整个漠北蒙古。
至此，噶尔丹的势力达到了巅峰。
首先，是噶尔丹控制的领土面积，占到了当时整个中国的一半以上。
噶尔丹控制范围包括当时的新疆地区，包括现在新疆自治区的160多万平方公里的土地，以及1864年中俄签署的《中俄勘分西北界约记》割让出去的44万平方公里的土地，合计200多万平方公里；当时外蒙地区，包括今天的蒙古国全境，以及在《恰克图条约》中清朝主动退让出的贝加尔湖等地区，面积200多万平方公里；以及西藏、青海以及甘肃、四川等地区，总面积近300万平方公里，这一时期西藏的实际领导者第巴桑结嘉措是噶尔丹的挚友兼同门师兄弟，选择依附于噶尔丹。所以，此时噶尔丹控制以及依附于他的领土范围达到了700多万平方公里。
此时大清王朝的控制面积仅仅是明朝的“两京一十三省”以及清朝在关外的故土，面积也就700万平方公里左右。
而这也成为了噶尔丹与康熙皇帝一较高下的最大资本。
其次，是噶尔丹的军事实力，的确是不容小觑的。
噶尔丹作为明朝时期瓦剌首领也先的后人，继承了先人的开拓精神，同时，其率领的蒙古铁骑经过多年的征战，也是经验丰富、战力极强。
更为重要的是，此时的噶尔丹已经成为了沙皇俄国对抗大清王朝的先锋和利益代言人，特别是在康熙二十四年（1685年）、康熙二十五年（1686年）两次雅克萨之战战败后，俄国更加紧了对于噶尔丹的扶持，除了提供钱粮外，还为噶尔丹的军队装备了当时世界上先进的滑膛枪和重型火炮，使得噶尔丹的实际战力远胜于蒙古其他部落，甚至也已经是超过了清朝军队。
再次，就是噶尔丹“活佛”的特殊身份。
噶尔丹的快速崛起与扩张，与其藏传佛教温萨活佛四世的特殊身份密不可分。尽管早在康熙十一年（1672年），噶尔丹辞去了活佛的神职，正式还俗，但是其影响力依然存在，不管是统一漠西蒙古，联络西藏势力，还是挑起漠北蒙古内战，这个活佛的身份都给予了噶尔丹极大的帮助。
不得不说的是，清朝是以藏传佛教为国教的，军队中满蒙将领也都是信仰藏传佛教，这也给其领兵与噶尔丹作战带来了极大的困扰和震慑力，而这也成为后来康熙三次御驾亲征的一个重要原因。
由此可见，噶尔丹和他的准噶尔汗国，是康熙一生之中最为强大也是最为危险的敌人，同时也是大清王朝建立以来，所面对的最为强大的对手。
康熙战胜噶尔丹，实际上赢得并不轻松。
康熙二十八年（1689年）清军与噶尔丹的军队首先在乌尔会河打了一仗，这可以说是大清王朝和准噶尔汗国真正意义上的第一次较量。噶尔丹亲率两万多人的精锐骑兵部队长驱直入，清朝大将阿尔尼率两万清军主力前往迎战阻击，结果是噶尔丹大获全胜，几乎是将阿尔尼的部队打了个全军覆没。此战的失利给了康熙以极大震撼。
紧跟着第二年，即康熙二十九年（1690年），康熙皇帝急忙调集五万军队，兵分两路，一路是由抚远大将军、裕亲王福全统领的三万大军，出古北口，一路是由安北大将军、恭亲王常宁统领的两万大军，出喜峰口，两路大军齐头并进，企图对噶尔丹形成夹击之势。同时，康熙又调盛京与吉林将军麾下一万主力部队，从东向西，协同两路大军战斗。
双方之间最为关键的“乌兰布通之战”就此展开。
噶尔丹建立“驼城防线”，抵挡进攻，而福全指挥军队“集中火力，攻其一点”打开了缺口，清军与准噶尔部队展开血战，双方均死伤惨重，清朝这面更是阵亡了康熙皇帝的亲舅舅佟国纲。
最终噶尔丹以“议和”为幌子，连夜逃走，“乌兰布通之战”最终以清军惨胜而终结。
此战后，噶尔丹的实力受到了严重打击，再也无法同清朝正面对抗，而康熙这才在与噶尔丹的对抗中占据主动。
康熙三十五年（1696年），昭莫多之战爆发。
经过六年的准备，康熙皇帝先发制人，分三路大军主动出击奔向噶尔丹而来。噶尔丹的部队是一触即溃，清军大获全胜，噶尔丹仅率数十人逃离，从此再也无法东山再起了。
一年之后的康熙三十六年（1697年），康熙皇帝再度率兵向噶尔丹扑来。
这个时候的噶尔丹已经是众叛亲离，在绝望中，噶尔丹选择了服毒自尽，结束了自己传奇的一生，康熙与噶尔丹的恩怨情仇也就此告一段落。
康熙能够在极其困难的情况下最终战胜噶尔丹，也是多种因素共同作用的结果。
一来，准噶尔内部出现了巨大的分裂。
康熙二十七年（1688年），听信了他侄子要谋反自立的谣言，杀掉了索诺木阿拉布坦，并且对策妄阿拉布坦进行了严酷的迫害，更是迫使策妄阿拉布坦的妻子改嫁自己。这一举动彻底逼反了策妄阿拉布坦，就此与噶尔丹分庭抗争。
不仅如此，策妄阿拉布坦还趁机主动联络大清王朝，成为噶尔丹背后的掣肘，不断进攻骚扰着噶尔丹的后方。而就在噶尔丹重新回到漠北蒙古同康熙进行决战的时候，策妄阿拉布坦率兵一举横扫噶尔丹的后院老巢，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”。
可以说策妄阿拉布坦的牵制扰乱了噶尔丹前方的军心，更是让噶尔丹首尾不能兼顾。
二来，噶尔丹的统治并没有得到蒙古各部落的支持。
噶尔丹是用武力征服了蒙古各个部落，但是在这期间，准噶尔的军队也对蒙古各部落的军民百姓进行了大肆的劫掠，加上噶尔丹对于蒙古其他部落的压迫和剥削，使得准噶尔汗国内部矛盾纷争不断，噶尔丹的反对者的阵营也不断扩大。
三来，大清王朝在硬实力上还是占据着绝对的上风。
尽管噶尔丹占据了当时中国近乎一半的土地，但是这些地方都是人口稀少、经济发展水平落后的高原、荒漠以及草原地带，战争的后续潜力明显不如坐拥中原之地的大清王朝，而这也使得在“乌兰布通之战”后的噶尔丹再也无法彻底恢复，此也注定了其最终的结局。