1900年5月底，俄、英、法、美、德、意、奥、日八国不顾清政府的反对，联合组织了军队，大量在天津集结。6月中旬，列强采取了新的侵略步骤，以清政府剿办义和团不力，并在海口布设水雷与各国为难为由，攻占大沽炮台，并进而向北京进军。
1900年于是，在6月21日，清政府下令宣战，一方面在京津沿途进行阻击，在北京利用义和团攻打使馆区。另一方面，清政府还通过驻外使节向各国寻求和谈。《辛丑条约》签订以后，清政府按照条约内容，处死了一些被谈判期间定义为“首祸”的王公大臣，其中，便有担任刑部尚书的赵舒翘。
但赵舒翘之死，历来被后世当成千古奇冤，例如《赵尚书被冤述略》一文中，作者鲍心增便指出：
“被祸诸王大臣，人知其非尽袒拳者也，而赵尚书展如之冤尤甚。”
1900年，中国爆发了义和团运动。“拳匪”的冲突对象，主要为洋人。在面对义和团与洋人之间的冲突时，朝廷始终举棋不定，慈禧决定选一得力大臣调查义和团的具体情况。值此之际，赵舒翘已升任为了刑部尚书，并兼任军机大臣。慈禧太后委派赵舒翘前往保定地区巡视情况，赵舒翘返京述职时曾多次表示，国家不可仰仗义和团。不过，正因为慈禧执意想要让义和团与洋人“二虎相争”，所以才下达懿旨支持义和团。
从这里我们可以看到，赵舒翘本身并不看好义和团，至于借助义和团的力量救国，在他看来是完全不现实的。因此，赵舒翘绝不可能是一名“袒拳者”。所以，当帝国主义要求严惩那些袒护义和团的清国大臣时，实不应将赵舒翘的名字写在名单里。之所以赵舒翘蒙此冤屈，完全是因为他被慈禧推到风口浪尖上当了替罪羔羊。
关于赵舒翘的名字是如何出现在“首祸”名单上的，史学界流传着两种说法：
第一种说法，赵舒翘蒙受不白之冤，是李鸿章手下的一名幕宾动的手脚。这位幕宾的父亲，便是赵舒翘在江苏担任巡抚时期的手下。当年此人因以权谋私，被赵舒翘开除公职。因为这个缘故，这位幕宾始终伺机报复。在李鸿章最初拟定的“首祸”名单中，并没有出现赵舒翘的名字。
不过，这名幕宾却在第一份名单出炉后“建议”李鸿章，说这些“首祸”名单里全都是八旗贵族，没有一个汉人，如果将这份名单呈递上去，难免会让朝廷对李中堂起疑心。倒不如将赵舒翘的名字写进去，也好堵住口实，对朝廷有个交代。李鸿章在官场上摸爬滚打了这么多年，他自然明白其中的利害关系。比起自己的前程，赵舒翘的牺牲实在算不了什么。
于是，李鸿章采纳了幕宾的提议，将赵舒翘写进名单。
第二种说法，赵舒翘是外国人写进名单里的。参与谈判的李鸿章，曾对是否将赵舒翘列为“首祸”据理力争，认为赵舒翘不该遭到清算，“无仇洋之举，更无罪可科”。当年赵舒翘奉太后懿旨南下调查义和团，只不过是完成本职工作罢了。即便要追究，最多将赵舒翘免职。
在李鸿章提议之后，外国代表起初表示赞同。然而仅一天过后，外国代表团的口风就发生了翻天覆地的变化，他们坚持使用最初的“首祸”名单，不容更改。
另传说，瓦德西进驻北京后，曾在慈禧的宫殿里搜出一封赵舒翘呈递的书信（密奏），密奏的内容就是赵舒翘向朝廷汇报的调查结果。后来瓦德西将证据交给李鸿章，要求他尽快联络位于西安的慈禧，为赵舒翘脱罪。不过当时李鸿章公务繁忙，没有来得及处理这件事，以至于赵舒翘惨遭横祸。
那么，赵舒翘的结局是怎样的，他是被外国人处决的，还是被清廷赐死的呢？
《咸宁长安两县续志》、《清代七百名人传》里给出的说法比较模糊，称其自尽身亡（赐死）。《清史稿》也说赵舒翘是被赐死的，但细节方面更加丰富：“初饮金，更饮以鸩，久之乃绝。”
《鲁迅故家的败落》的作者周建人先生，在书中提到赵舒翘被赐死时发生的情况。1901年正月初六，朝廷的圣旨送往赵舒翘府上，将其赐死。跪谢圣恩后，赵舒翘一个人走到内室，先是吃下了大量金箔，企图吞金自杀，但却久久未死。
两名负责办差的钦差大臣等得有点不耐烦，赵舒翘只好让家人为他“挑天宫”。所谓“挑天宫”，就是用沾满了烧酒的牛皮纸，一层一层地贴在面部，将呼吸道封死。赵家人折腾了许久，赵舒翘这才气绝身亡。
晚清赵舒翘可谓为数不多的忠直之臣，他对国家一片赤诚忠心，没想到却落得如此下场。不知经历了晚清官场最黑暗的一面后，九泉之下的赵舒翘能否释怀？
参考资料：
【《咸宁长安两县续志》、《清代七百名人传》、《赵尚书被冤述略》、《鲁迅故家的败落》】