秦宗权早年为许州牙将。广明元年（880年）十一月，许州大将周岌撵走忠武军节度使薛能取而代之。秦宗权也趁机驱逐蔡州刺史，占据蔡州。同年冬，黄巢率起义军入关，唐僖宗逃离长安出奔四川。
中和三年（883年），黄巢退出关中，入河南。秦宗权迎战，为起义军所败，遂投降黄巢。
中和四年（884年），起义军被沙陀军大败于山东，黄巢在狼虎谷被杀。失去黄巢控制的秦宗权，野心随之膨胀起来。蔡州自此成为了他的老巢。六月，秦宗权纵兵四出，侵袭周围的城池。天平节度使朱瑄，有三万部众，他的从弟朱瑾，勇冠军中。宣武节度使朱全忠被秦宗权所攻，形势十分窘迫，向朱瑄求救，朱瑄派朱瑾率大军前去救援朱全忠，于合乡大败秦宗权。
秦宗权为人极其残酷，所克州县无不焚杀掳掠，“西至关内，东极青齐，南出江淮，北至卫滑，鱼烂鸟散，人烟断绝，荆榛蔽野”。如此接近于“三光”的抄掠屠杀，自然造成民众对秦宗权集团的极度仇恨。
秦军所过之处，百姓或被杀绝，或逃散殆尽，因此部队的后勤补给，甚至军粮都成问题。秦宗权并没为此发愁，他令部下杀光当地百姓，再把尸体用盐腌制起来充作军粮。这个军阀集团成为当时害民最烈的强盗团伙。
光启元年（885年）正月，秦宗权向光州刺史王绪勒索租赋，王绪不能满足秦宗权的要求，秦宗权大怒，发兵攻打王绪。王绪十分恐惧，举光、寿二州的全部兵马五千人，驱吏民渡江，南下陷汀、漳二州。之后，秦宗权愈加猖狂，攻掠颍、亳诸州，朱全忠于焦夷击败了秦宗权。此时，唐朝廷威严扫地，时朝廷号令所在，惟河西、山南、剑南、岭南数十州而已。
光启元年（885年）二月，秦宗权在蔡州称帝，国号仍沿用齐，以示继承黄巢之传统，并大封亲信为官，建立起自己的小朝廷，闰二月，秦宗权派遣他的弟弟秦宗言攻荆南。
六月，东都留守李罕之与秦宗权的将领孙儒相拒数月，李罕之兵少食尽，于是弃城向西逃到渑池，秦宗权攻陷东都洛阳。至此，秦宗权分兵攻取陕州、洛州、怀州、孟州、唐州、许州、汝州、郑州等20余州，一时成为中原地区实力最为强大的军阀集团。
八月，秦宗权发兵攻打距蔡州百馀里的陈州，陈州兵力甚弱，刺史赵犨与秦宗权交战，秦宗权不能使赵犨屈服。唐廷下诏以赵犨为蔡州节度使。赵犨得到了朱全忠的援助，与朱全忠皆为婚姻亲戚，自此实力大增。十月，秦宗权在八角击败了朱全忠。
秦宗权的野心显然不止于小小的蔡州。他的重要目标，首先便是夺取中原地区。得中原者得天下，中原的中心便是汴州。而占据这里的军阀，则是跟秦宗权一样，原属黄巢起义军而后叛变的宣武军节度使朱全忠。秦宗权意在攻取汴州，尽得中原；朱全忠则意欲稳定汴州，尽占河南，以图发展。而且秦宗权自以为兵力十倍于朱全忠，而多次为朱全忠所败，为此十分耻辱。为扩大各自的势力，两个军阀集团在河南进行了两次规模较大的兼并作战。
光启三年（887年），秦宗权集中全部兵力进攻汴州，其部将张晊、秦贤各率数万人马作为先头部队，驻扎于汴州城西北。于是同时，朱全忠的兵力已经得到加强，而张、秦二人却不浑然不知、毫无防备。朱全忠抢先突然出击，小胜秦军，斩获万余人。随后，朱全忠又得到郓州的天平节度使朱瑄、兖州的泰宁节度使朱瑾兄弟的支持，义成军也赶到汴州增援。朱全忠遂指挥宣武、兖、郓、义成四镇军马，在汴州城北郊的边孝村向秦宗权发起进攻，大破秦宗权军，杀2万余人，秦宗权乘夜逃跑。经此一战，秦宗权军实力大损，只得归缩回蔡州。
文德元年（888年），朱全忠遂集中力量围攻蔡州。朱全忠自任蔡州四面行营都统，率军进至滑州，相继攻克黎阳、临河、李固三镇，又占据洛州和孟州，解除了西顾之忧。五月，宣武军大败秦宗权于龙陂，进逼蔡州城下，攻入北门。经过长达数月的围困作战，十二月，秦宗权被部将申丛执送汴州。
龙纪元年（889年）初，朱全忠又将其遣送京师。唐昭宗受俘之后，命令京兆尹孙揆将其斩首。
临刑之前，秦宗权还在槛车里伸出脑袋向孙揆辩解：“尚书大人，您看我秦宗权是造反的人吗？我只是对朝廷一片忠心，无处投效罢了。”这个愚蠢的辩护，惹得围观百姓捧腹大笑。