建炎元年五月，康王赵构在南京应天府另建朝廷，重建宋王朝，年号建炎，史称南宋。康王赵构之所以能够成为皇帝，主观上因为他手中还有一支能战的军队，客观上金军在侵掠东京时，依照诸王、皇孙、后妃名册，将留在府邸和藏匿在民间的皇室宗亲一一捕获，金军的目的就是为了赵氏皇族彻底根除。
此时的金军已经搜刮完东京，带着战利品准备北撤了，在这之前的三月七日，立原来曾和赵构一起在金营为质的前北宋宰相张邦昌为大楚皇帝，实行傀儡统治。这对于中原官民来说是不能接受的，赵构也不能容忍一个曾经的臣子代替赵宋王朝。金军的撤走给赵构的新朝廷重整旗鼓提供了机会。
靖康之变中的主和派成员做了很多激起民愤的事情，也对北宋的灭亡负有不可推卸的责任。高宗一即位就对他们进行处罚以安民心，这样民愤才稍平，新朝廷才能有凝聚力。在军事上整顿勤王军队和义兵，同时收编抗金义军，把这些军队拨归原兵马大元帅府统辖的五军之中。
高宗并不打算常驻应天府，而东京战略位置差，金人又控制了北部要地，时刻都可以再次进攻。东京又接连遭受金人掠夺，高宗不敢迁都回这里。高宗即位后不到一月就下令西南、东南储备物资，修筑工事，以备迁都到这些地方中的一处。 虽然做出了一些举措，但南宋朝廷并没有多少新气象，反而充满了失败和内斗的情绪。
高宗即位时，李纲正在赴东京途中，接到任命，便赶到南京应天府，为高宗筹划重整朝纲，组织抗金，并建议在沿江、沿淮、沿河建置帅府，实行纵深防御。李纲整顿军政的设施，有助于宋朝廷支撑局面，尚能为高宗所接受。然而，他主张坚决抗金及反对投降活动，却为高宗所不容。因此，他们又设法驱逐李纲。
金灭辽后，采取了彻底摧毁辽朝统治机构的做法，把所征服辽的土地全部纳入金朝版图。而在灭掉北宋以后，虽然掠走了宗室，但没有沿用对待辽的方法，而是采取了扶植傀儡，以汉人治理汉地的做法。金人占领东京开封后，废掉了徽钦二帝，立张邦昌为楚帝，以代替金朝统治中原地区。
对于采取扶植傀儡的形式，一是因为金朝的军事进展太快，在政治和经济上却无法直接有效地在汉地进行统治。二是没有统治先进地区的经验。金人认为宋朝百姓难以臣服，反抗强烈，金军不可能通过军事征伐平定中原地区所有的反抗，金军人数本来就不多，承受不了东征西讨的损耗，如果直接进行统治的话势必会激起更强烈的反抗。
此时的宋朝民间因为金军的掳掠，民众自发组织抗金义军，活跃在受到金军侵袭的北方地区。这些义军，“多者数万，少者亦不下万人”，并且能够互通消息，相互声援，成为反抗金朝统治和掠夺的重要力量。李纲推荐的宗泽被任命为东京留守，进行抗金部署的同时也和一些义军进行联络，他们自愿接受宗泽的指挥，这样抗金的力量逐步强大，形势对南宋有利。
金军决定再次南下，这一次和之前两次相比有很大不同。第一次完全是长驱直入，但有孤军远征的危险，同时东西两线是独立作战，没有协调性。第二次灭宋之役，吸取了第一次的教训，两线进行协调，建立连贯的战线，前锋和后方纵深相连，又占领吸收了河东河北的一些城池，能够做到来去自如，没有被包围的隐患。
而这一次首征南宋政权，虽然还是沿着原来的进攻方向，但不再是长途奔袭剑指东京，而是步步为营，巩固两河占领地区，不再攻下城池之后掠夺完就走，把这些领土直接掌握在金军自己手中，形成有效的后方。同时以河东、河北为中心向周边进发，全面进攻。这样北方抗金力量就被彻底分散开，金军开始寻求战略主动。
这一次金军沿黄河一线分成三路南下，并打算再从海路出击。其中中路攻河南，东路攻山东，西路攻陕西，全面攻击依然由宋统治的地区，同时投入的兵力也远远超出前两次的规模。 面对金军的全面进攻，南宋朝廷采取分区防御的战略。针对金军进攻方向，宋军分为陕西、河南、山东三大防御区。
但在落实过程中却出现了很多问题，首先是指挥不能统一，各自为战，无法协调。再者就是兵力分配不均，战斗力相差悬殊，不但三大防区兵力相差很大，就连中段的河南防区也是西弱东强。再次就是将领不和，甚至发生了彼此动武的事情。在大敌当前的情况下，宋军防线如此，就算局部能取得一些胜利，也不能弥补全局上的被动和失败。
金军从三线出发，和宋军进行了大规模的战斗，三个方向上金军都取得了很大的战果，但因为本来要分进合击应天府的计划因为宋高宗南迁而落空。同时各地的抵抗也使金军陷入混战的泥潭之中，金军在席卷了大量财物人口之后就北归。虽然这次南下攻宋并没有达到预期的战略目的，但是却使金朝对南宋的国防力量以及兵力部署加深了了解，从而有针对性地制定了再次南下攻宋的计划。
之后金军再次南下，宋军北方残破的黄河防线被放弃，战线被压缩到了淮河甚至长江沿岸，此时宋廷被强大的敌军吓破了胆，企图再次求和，结果金军还是进攻。宋朝廷昏招不断，军队内斗不断，一盘散沙，结果使防御战再次失败。金军又获得了大量的土地。值得庆幸的是金军所到之处的屠杀掠夺使得南宋军民进行了强烈的抵抗，采用各种方式抗金，才保得南宋朝廷没有被消灭。
金军没有消灭南宋朝廷，于是又发动了第三次南下，这一次，宋朝险些被灭亡，金军攻下新都临安，还对逃窜海上的高宗等人发动“搜山检海”，幸得黄天荡一战大败金军，金军狼狈北撤，从此不再轻易南下。
宋金双方在经历这些次战争之后，局势逐渐开始扭转。南宋最终整顿好政治军事，拥有了自保甚至北伐的实力，但最终却因议和以及胡乱指挥，自杀大将导致丧失掉了北定中原的机会，偏安东南一隅。而金朝在多次进攻都没有灭亡掉南宋朝廷，对新占领的地区直接统治，宋金隔淮河对峙。