弘光元年(1645年）三月，李自成率“大顺军”残部到达荆襄地区，与原本驻扎在这一地区的大顺军大将白旺及其手下七万大军会合。不过，此时的李自成已经被清军打得丧失了对抗信心，他不听白旺固守襄阳、承天、德安、荆州的建议，而是决定率军东下，打算先灭掉相对较弱的南明弘光朝，占领江南富庶之地再作打算。
李自成率军东下，把镇守武昌的左良玉架到了火山口上。面对李自成的大军，他陷入了极度矛盾之中。左良玉和李自成也算是熟人了，打了很多年的仗，互有胜负。应该说，左良玉因为与李自成积怨很深，加上为了保住自己的地盘，在李自成东下之初还是尽守土之责的。
他一面连续派人上疏弘光朝廷告急，一面调兵遣将抵御大顺军。
但左良玉与弘光朝廷的矛盾也很深，因为左良玉多与东林党人，得罪了弘光朝内阁首辅马士英，而且像左良玉这样的军阀，怎么可能愿意牺牲自己，为这个朝廷当炮灰呢？
弘光朝廷忌惮于左良玉的实力，对左良玉的态度不好也不坏，弘光朝高层以内阁首辅马士英为首的官员希望这个军阀头目能与李自成打个两败俱伤，自己坐收渔翁之利，所以对左良玉的求援反应极其冷淡。
左良玉为之交好的众多东林党人中，有一位关系很是密切，那就是黄澍。这个黄澍搞出了"打马案”，在南京城与内阁首辅马士英交恶之后，对弘光朝廷更是怨毒满腹。
弘光朝抓到一个自称是“明朝太子”的人，这让黄澍等东林党人找到了借口。他们到处散发叫嚷所谓的“明朝太子”是真的崇祯帝儿子，弘光帝朱由崧是不合法的登基，内阁首辅马士英等人为了自己的权势一直在迫害“明朝太子”和东林党所谓的“正人君子”们，黄澍等东林党人为此甚至煽动左良玉起兵造反。
左良玉一个军阀，本来就对“江北四镇”四位藩镇没有自己的名字极为不满，加上弘光朝不待见自己，出于自身利益考虑，也在煽动下逐渐开始走上造反之路。
弘光元年(1645年）三月二十三日，左良玉假称接到“明朝太子”密旨，要自己率大军前往南京城救“太子”，并讨伐内阁首辅马士英等“奸臣”，即所谓的“清君侧”。
假传旨意之后，左良玉立即率大军乘船东下，杀向南京城。更令人为之气愤的是，临走之前，左良玉下令军队在武昌地区进行烧杀劫掠，让武昌百姓深受其害，也让武昌百姓对其恨之入骨。
其实，此时的左良玉垂垂老矣，重病缠身。此次出师虽然打着“清君侧”的旗号，但自古以来，提出这三个字的基本上都被贴上“造反”的标签。
左良玉的军队虽然庞大，但是极其鱼龙混杂，属于典型的“兵匪”，让他们打家劫舍，他们在行，让他们去造反，为左良玉去拼命，那就根本不可能。因此当左良玉打出“清君侧”的旗号，他们就已经惶惶不可终日，军心涣散，毫无战心。
不过，左良玉的大军唬住弘光朝那些无能的官员还是足够了。
当左良玉东下的消息传到南京城，南京城顿时陷入了一片恐慌与混乱之中，官员无论大小，无论高低，一个个都原形毕露，吓得屁滚尿流，不少官员直接弃官，收拾金银细软，带着家人跑路了。
不少平日里与左良玉关系密切的官员此时也开始反对左良玉的做法。
湖广巡抚何腾较被左良玉劫持到军队中，但他坚决反对左良玉的“清君侧”的做法，趁着看守的士兵松懈的时候，跳水逃走。
左良玉军队一路上烧杀劫掠，到达九江后，江西总督袁继也被左良玉“请”到军中，左良玉自然是通着袁继咸跟着自己一起“清君侧”。袁继咸坚决不从，不仅苦劝左良玉放弃“清君侧”，还苦口婆心地跟左良玉手下的将士们反复讲道理、希望他们停止祸国殃民的行为。
身在重病中的左良玉开始犹豫，一些左军将领也本来对造反就没有信心，这下更为动摇，袁继咸被允许回到九江城。袁继成回城之后，下达命令手下将土严防死守九江城，坚决不能让左良玉军队进城。
但袁继咸的部将张世勋已经被左良玉收买，于夜晚在九江城内纵火开城门，左良玉军队趁机攻占九江城，袁继成又一次被“请”到了左良玉军中。此时的袁继咸万念俱灰，投水自尽。左良玉下令将他救起后，再三表示：自己对弘光帝“忠心耿耿”，此举只不过是讨伐马士英等“奸臣”。
袁继咸自知无法逃离，寻死也越来越困难，只能放弃了寻死的念头，留在左良玉军中。
就在左良玉大军打算继续东下之际，又出了一件意想不到的大事——左良玉突然死了。
弘光元年(1645年）四月四日，身患重病的大军阀左良玉突然在战船中吐血而死，留下了一个极其混乱的局面。
左良玉死后，众将领共同推举其儿子左梦庚继承其军权。左梦庚能力不咋地，但是他知道造反这种事，一旦开始就无法回头，回头只能是死，拼一把反而有可能活下去。于是，他硬着头皮继续指挥大军东下，依然沿着左良玉的策略向南京城杀来。
屋漏偏逢连夜雨，就在左良玉东下之后不久，又传来了清军南下的消息。
清朝摄政王多尔衮在击败李自成的大顺军主力之后，就有了灭亡南明的心思。
特别当清军将大顺军驱逐出陕西之后，多尔衮认为灭明的机会来了。
豫亲王多铎率军出陕西流关，经洛阳、商丘一线，再向南攻取泗州、扬州，最终进攻南京城，南明弘光王朝陷入了更大的危机之中。
在左良玉大军东下、清朝大军南下的危急时刻，弘光帝朱由崧召集群臣商讨对策，马士英在朝堂上大吼道：“尔辈东林，犹供口防江，纵左逆人犯？北兵至，犹可议款，若左逆至，则若辈高官，我君臣独死耳！臣已调良佐兵过江南矣。宁死北，无死逆。”
也就是说马士英把弘光朝的重要兵力部署都放在对付左良玉大军上面，对清军也有防御，但是极其薄弱。
所幸，“江北四镇”中的黄得功还对弘光朝比较忠心耿耿，他在荻港、铜陵等地率军拼死奋战，打败了外强中干的左良玉大军。左良玉大军兵败之后，不敢再出战，只能龟缩在九江一带。
到了弘光元年(1645年）五月，多铎率领清军南下。
东林党人黄澍眼见大势已去，彻底撕下了“忠臣”的面具，劝左梦庚向清军投降。左梦庚在其劝说下，于五月十三日率军降清。
在明末称雄一方的“楚镇”左氏军阀，至此宣告终结。
左梦庚投降后，清朝既优待又提防，将他编入汉军正黄旗，除了跟随英亲王阿济格率军攻打降而复叛的姜瓖之外，再没有被起用过，最终于1654年病逝。
值得一提的是，江西总督袁继咸在被左良玉大军裹挟到清军大营之后，拒绝清朝的高官厚禄，坚决不降清，于1646年被清廷杀害。
左梦庚、黄澍与袁继咸，降将与忠臣的鲜明对比，真是高下立判。
对于弘光朝的灭亡，不少人总是将着眼点放在清军的进攻上。
但倘若没有左良玉在关键时刻跳出来捅上一刀，弘光王朝在抵御清军时的胜算自然会大大增加，至少不会崩溃得如此之快。左良玉打着“清君侧”的旗号起兵造反，让弘光朝在对付左军与清军的两线作战中顾此失彼，可谓直接导致了弘光朝的灭亡。
左良玉之所以会造反，固然有李自成的大顺军进逼的原因。
但实事求是地说，左良玉是一个既有军事实力又有政治野心的军阀头目，在乱世之中试图夺取权力才是他造反的最根本原因。而且，左良玉及其麾下的“楚镇”军阀是弘光王朝内部众多派系中与东林党关系密切的一派。对弘光朝廷极度不满的黄澍等东林党人在左良玉的“清君侧”行动中无疑起到了巨大的推波助澜的作用。
左良玉的“清君侧”，其实是弘光王朝党争内斗结出的恶果，算得上是南明内部权力之争的一次大爆发。
戴名世《戴名世集》评价道：“呜呼，南渡立国一年，仅终党祸之局。东林、复社多以风节自持，然议论高而事功疏，好名沽直，激成大祸，卒致宗社沦覆，中原瓦解，彼鄙夫小人，又何足诛哉！”
戴名世的这段话，狠狠地讽刺了所谓的“正人君子”，所谓“气节自持”的东林党，明确的认为弘光朝的灭亡的主要原因就是东林党所掀起的“党祸”。