任何一门宗教在传承、发展过程中，由于受教之人的认知不同，理解不同，对传统教义往往产生不同的解读，从而产生不同的派别。道教也不例外，除了世人皆知的天师、全真两大派别外，历史上还出现过大大小小的不同流派，向原先介绍过的于吉、张角的太平道，陶弘景的上清派（后来发展成为茅山派），寇谦之的新天师道等。
下面介绍几家现在法系已经断绝的道教流派。
一千多年前，北宋灭亡，华北地区被女真民族的金王朝占领，成了女真人的统治区。12世纪的前半期，太一教在这个被占领的华北地区成立，开祖萧抱珍生平事迹不详，仅知他出生河南，受传神仙的符箓，并以此符箓为根本，创立了太一教派，此外一无所知。
至于太一教的内容，也仅知道是用符箓救人苦难，尊重儒教主张的中庸，禁止饮酒食五辛。当萧抱珍一打出开教的旗号之后，众百姓趋之若鹜，纷纷要求充当其弟子。由此看来，可以说太一教极富实践性。因此，其教团势力在一两年内便发展到河北、山东一带。数年后，萧抱诊的名字传遍四方，以致受到皇室的召请，为宫中的女官治病，可见其名声之高。到了元朝，太一教的道士还常常遵照朝廷意旨设醮，说明这个教派在皇室的心目中占有一定的地位。
自六祖萧全皊之末，至七祖萧天皊掌教期间，太一道和全真道的关系十分密切。经过这两代与全真派的进一步交融，在萧天皊之后不另设掌教，在组织上最后也并入全真教，太一教的法系自此断绝
真大道教的开祖刘德仁生于山东，北宋灭亡之际逃往河北，历经坎坷。公元1142年，刘德仁遇一老人，老人传授他《道德经》要旨，刘德仁以此要旨为根本创立了真大道教。真大道教具有融儒佛道三教为一体的特点，是很特殊的一派道教教团。也许就是这个原因，真大道教成立之后，教团势力迅速发展，1161年，刘德仁奉金世宗之命上京，以白云观的前身天长观为据点开展宗教活动。金、元两朝交替时期，真大道教受到非常残酷的迫害，但经第五祖的顽强奋斗，终使这一教派得以维持和发展，并得到元朝的承认。
在这种有利的形势下，真大道教的教势顺利地发展和壮大起来，甚至渗入了蒙古本土。由于发展太快、太顺利，教团的财力迅速膨胀，教团本身变成了大土地所有者。可能就是这个原因，在14世纪初，围绕教主宝座产生了内讧。这次内讧造成的内耗导致真大道教的衰败，在不久之后的14世纪前半期，真大道教的法系彻底中断了。估计是自相残杀，教中有修养、道法高深的教士都死了，法系自然无法传下去。
净明忠孝道的测源可以追测到3世纪后期民间的许逊信仰。在东晋时期，许逊在江右以道术整治南昌、九江间的水利，提倡传统文化的孝道，创立净明忠孝教，其平生行谊，丰功伟绩，永铭人心。《神仙传》中记载，称其功成德就之日，拔宅飞升，犹如汉代传奇淮南王鸡犬飞升的故事。他在道教中的地位，被尊为历代仙班中数一数二的富贵神仙，对于后世道教的影响极大，成为民间习俗所称道教中的江西庐山道法，被称为道教四大天师之一。
许逊以弘扬忠孝为敦品立德之本，以立功济世为普利民生之基，是传统文化儒道本不分家的道德主张。到了12世纪前半期，许逊隆临何真公，传授阐述“忠孝之法”的净明经典，后来刘玉又受传这部经典，将各种究术加以整理，于公元1296年正式创立了净明忠孝道这个道教派别。
净明忠孝道同全真教一样，其特点是融合了儒佛道三教，但尤其重视忠孝，以忠孝为本。在思想体系方面，同宋学有密切的关系。另一方面，它既有神秘性的特点，又可见到佛教对它的影响。净明忠孝道里有一个大名鼎鼎的道士刘渊然，与全真教南北二宗和正一教来往密切，因此可以说这一教派的内容包含了古今三教的思想和特点。总的说来，净明忠孝道的势力不强，现在这一派别已完全被正一教吸收了。
武当派是以湖北均县的武当山（亦称太和山）为本山的一个道教教团。武当山作为玄天上帝的寝居之地，自古以来就是著名的名山。
武当派成立的时期不太清楚，似乎在10世纪初。不过，武当派能爆的大名，还离不开明初两位帝王的垂青。当朱元璋已成气候，打算争夺天下，开始网罗人才的时候，当时已经享得大名的风尘异人张三丰自然不会忘记，只可惜遍寻张三丰而不可得，徒增叹息。等到了朱棣称帝后，也醉心倾慕习俗传闻，对活了两三百年的神仙道人张三丰，不但屡下诏书访求，并派遣使臣到处寻觅，也终不可得，于是在武当山大修道观，使之成为道教的胜地。明英宗朱祁镇正统元年，朝廷下诰，赠张三丰为通微显化真人，后世皆称之为张真人。
相传，因朱棣在北方起事，后在两军对阵之时真武大帝屡屡现身做法帮助北军，所以视真武大帝为自己的保护神，在修武当山的时候，也把真武大帝作为武当山的主神祗，其旨趣虽略同于“全真”，实则大异于唐、宋道教的崇拜对象。据湖北地方轶闻，武当道观的真武大帝圣像，实为明成祖自己的塑像，但故作长发仗剑，俨如天君神帝的模样。
武当派主张三教合一，以“道”为三教共同之源，认为道统生天地人物，含阴阳动静之机，具造化玄微之妙，统无极，生太极，是万物的根本、本始和主宰，并强调：儒离此道不成儒，佛离此道不成佛，仙离此道不成仙。重内丹丹法，主张性命双修，强调要修仙道，先全人道，又主张大道以修心炼性为首，认为“未炼还丹先炼性，未修大药且修心，心修自然丹信至，性清自然药材生。”又强调“药”分内外，认为“内药是精，外药是炁；内药养性，外药养命”。而后炼精化炁，炼炁化神，炼神还虚，最终还虚而合仙道。
从武当派的教义可以看出，基本来自于全真教，官方将其归于全真道，张三丰亦是全真教出身，实为元明间新产生的全真支派。明末以后，直到现在，其流风遗被，凡言武术技击、气功吐纳、内功导引、男女采战等江湖术士，无一不附会于张三丰而尊之为嫡传的祖师，声名之隆，影响之大，自吕纯阳以后，所有著名神仙方士，尚无出于其右者。且武当道士，自明代以后，又巍然自成一派，与“全真”、“正一”等家，分庭抗礼，互不相下。
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