袁崇焕被杀的命运和己巳之变（后金攻明京畿之战）有很大的关系。
学者中论述己已之变的文章主要有李光涛《论崇祯二年己已虏变》、阎崇年《论明代保卫北京的民族英雄袁崇焕》。
孙文良、李治亭《明清战争史略》一书中的相关章节也有关于袁崇焕被杀论述。
关于袁崇焕之死，明人的官方看法是有大罪所以被朝廷所诛杀，所谓的大罪就是崇祯帝谕定的那些罪状。随着清朝档案的修撰和公布，学术界和民间开始流行反间计一说。
在清朝近300年历史上，多种官方文献都认同这种说法。
清末民初，在民族情绪和反清情绪高涨的影响下，人们将袁崇焕抬高到了极致，认为崇祯帝轻信反间，误杀袁崇焕，以致自坏长城。
孟森在《明清史讲义》中有专题《专辩正袁崇焕之诬枉》，对袁崇焕的被污蔑和崇祯的刻薄寡恩感慨不已。然后，又在《袁督师后裔考序》中提到在清朝编修的《明史》未出来之前，发现袁崇焕被反间计所杀害的第一人是黄宗羲 。
李光涛《清入关前之真相》认为清朝入关前并非官方史书所说的那样满洲女真军无敌，而是有着非常多的缺点，当时优势方一直都是明朝，袁崇焕五年光复辽东之地是切实可行。明朝的失败不是因为国家无人才，而在于明朝主昏臣暗，人心不齐，满洲女真借明廷之手铲除栋梁之才，借辽人逃将为先锋灭亡明朝。
《论崇祯二年己已虏变》等文章叙述己巳之役与袁崇焕之狱，认为袁崇焕千里驰援为抗击后金国做出重要贡献，而崇祯帝轻信高鸿中而中了反间计而自毁长城。
此外，袁崇焕的被杀还和温体仁、梁廷栋等大臣的谗言有关。
有学者进一步考查袁崇焕之死与明末党争的关系，代表作是刘伯涵《论袁崇焕与东林党的关系》。刘教授认为袁崇焕与东林党密切相关，他的成功与东林党的支持很有关系，他的冤狱是东林党和阉党、浙党的剧烈斗争酿成的。
最近几十年，随着明清史研究的繁荣，关于袁崇焕死因的探讨终于摆脱过去单线的线性思维，逐渐挖掘到本质的东西。
有的学者仍然肯定袁崇焕死于反间计，即所谓“误杀论”。主要的论文有王革生《论袁崇焕之死》，邢蒂蒂《袁崇焕的冤死与后金贵族的反间计》，于德金、于德源《后金皇太极反间计考实》等等。
王教授文章肯定了反间计的存在，认为袁崇焕的死中有两个非常重要的因素是崇祯帝不知人、后金反间，崇祯帝、明朝奸臣、明朝内官形成了诛杀袁崇焕的庞大联盟。
邢教授文章认为反间计是明金形势的需要，当时皇太极与明朝欲和不能，欲战不得，故出反间计这一王牌。
两位于教授则认为设反间计的人不是皇太极与高鸿中，而是被誉为清朝第一谋士的范文程 。
有的学者则继续从党争的角度来看待袁崇焕之死。代表文章有：李绍强《袁崇焕之死与明末党争》认为袁崇焕被杀主要原因在于袁崇焕被卷入明末党争。袁崇焕和东林党人有密切的政治联系，且因斩杀毛文龙而得罪了阉党，故而阉党意图借袁崇焕的事来兴大狱，从而达到整垮东林党的目的，抢夺朝政大权。
张德信《袁崇焕之死与明末党争》认为袁崇焕的命运与明末党争已经紧密地联系在一起，他的死正是阉党残余势力利用崇祯帝的刚愎自用、猜忌和出尔反尔的性格而演变出来的历史悲剧。
多数学者则认为后金国的反间和朝廷的党争只是袁崇焕下狱的原因，而不是被杀的真正原因，袁崇焕之死是社会因素和个人因素共同起作用的结果。
其中的一种观点认为袁崇焕下狱的决定权在崇祯帝身上，主张从崇祯帝与袁崇焕的关系上寻找袁崇焕的死因。在他们看来，反间、党争只是外因，正是因为崇祯帝的猜忌、昏暴才造成了袁崇焕的冤案。他们的观点又可以分为“昏暴论”和“忌杀论”两种。
“昏暴论”以阎崇年为代表。他的《论袁崇焕》认为袁崇焕下狱原因与被杀原因是不相同的。下狱原因是反间、国人责怨、政敌诬陷、崇祯刚愎。
被杀原因则是后金国仇恨、国人怨愤、权贵不满、同僚旧怨、阉孽忌恚、崇祯昏愦。《袁崇焕死因解析》则进一步指出袁崇焕孤耿廉直的性格和崇祯帝刚愎昏暴的个性的矛盾是导致袁崇焕之死的内在原因和真正原因。
“忌杀论”以卢围《论明思宗朱由检忌杀袁崇焕》和颜广文《袁崇焕死因试析》两文为代表。
卢教授文章认为“误杀论”不能自圆其说，实际上是给崇祯帝开脱罪责，并给清朝歌功颂德，他认为袁崇焕被杀是因为崇祯帝的猜忌。在暴君崇祯帝的手下，他被忌杀是必然的结果。
颜教授的文章认为从君臣的关系看，袁崇焕被杀的根本原因是他和东林党人的行动妨碍了崇祯帝的独裁统治，所以崇祯帝蓄意杀之。
另外一些学者则不赞同“昏暴论”和“忌杀论”，将袁崇焕的死因全部归结于崇祯帝的刻薄寡恩，认为袁崇焕的死有其个人不可推卸的责任。
在他们看来，袁崇焕再次起用为辽督，出现了一系列的军事失误，而“五年复辽”的大话和己巳之变的发生铸成了袁崇焕的悲剧。
持这一观点的以李宝臣、余三乐、王昊等人为代表。李宝臣《论“五年复辽”的君臣协定》认为袁崇焕之死是因为“五年复辽”君臣协定的破产。五年复辽虽有自身经验的一面，但有较强的理想色彩，它的提出和袁崇焕的性格缺陷有关。
他在《论袁崇焕的个性》进一步分析袁崇焕性格中的优缺点及其演变，认为正是由于他的性格弱点导致他悲剧性的结局。
余三乐《袁崇焕死因再》认为袁崇焕因为骄傲轻敌，提出五年复辽的错误方略。他出关后又有三大重大失策，一是关于蒙古嘻喇沁部，一是蓟门防御的失策，一是斩杀毛文龙和东江问题的失策。
王昊《崇祯帝与袁崇焕之》认为五年平定辽地的承诺与己巳之变的发生足以使袁崇焕在自己的颈项上套上绳索，而崇祯帝的性格特点和朝论等因素则导致袁崇焕被磔杀。
在学术界，袁崇焕的死因研究资料浩如烟海，而且学者们的说法都各有各的道理，各有各的缺陷，袁崇焕的死这个话题还将继续讨论下去。