在明清战争史上有一个历史人物，他并不出名，他的名声是后世才逐渐显露的，他的名字叫王元化。
如果说袁崇焕被杀开启了明末辽地衰败的大序幕，那么王元化的喊冤被杀，就是后金国与明朝实力开始逆转的关键性事件。
万历九年(1581年)，孙元化出生在嘉定县，童年随父亲迁居到嘉定县城。他从小天资聪慧敏捷，好奇略，曾经到上海县著名的科学家徐光启开设的学馆受业。
万历四十年(1612年)考中举人，然后从师徐光启，学习西方科学文化，其中对数学和火炮火铳等火器非常着迷，以至于荒废学业，未能考上进士，后来干脆放弃科举功名，潜心研究西方科学文化。
因为老师徐光启入教，他经过自己对西方科学文化的学习，认为耶稣教能“补益王化，左右儒术，佛法”，也在天启元年(1621年)加入耶稣教，后来邀请西方传教士到家乡嘉定县开教，嘉定县就成为明朝耶稣教最重要的活动中心之一，嘉定县也成为西方科学文化传播最重要的一个对外窗口。
救正
天启二年(1622年)，辽东地区战火重燃，孙元化向朝廷上呈《备京》、《防边》两部奏文，详细讨论了边防的一些策略，受到朝廷某些有识之士的重视。
比如天启帝的老师兼兵部尚书孙承宗出任蓟辽经略，就重用孙元化，采用孙元化筑台制炮的战略主张，还把修固宁远城的重任交给孙元化。后来通过侯震旸保荐从军辽东地区，协同袁崇焕驻守宁远城，成为袁崇焕的左膀右臂，对袁崇焕的帮助极大，也被袁崇焕誉为“识慧两精”。
次年，孙元化帮助袁崇焕守宁远城。
天启六年(1626年)，努尔哈赤率6万满洲女真军，号称20万大军猛攻宁远城，孙元化在宁远城上根据西方炮楼进行设计并布置有11门大炮，威力巨大，努尔哈赤也被炮击伤而退兵，史称“宁远大捷”。
可由于朝廷阉党与东林党内斗，天启年间魏忠贤专权，与东林党走得比较近的袁崇焕被迫引退，孙元化作为袁崇焕的心腹，自然也被逼罢官回乡。
崇祯元年（1628年），崇祯帝继位，干的第一件事就是诛杀魏忠贤，为此袁崇焕重新复出，成为辽东地区的负责人，他重新把自己的左膀右臂之一的孙元化要了过来，襄赞辽省军务。
后来皇太极率兵直犯北京城，多疑寡恩的崇祯帝中了皇太极的反间计，冤杀袁崇焕。
袁崇焕死后，皇太极开始大规模攻击辽东明军，孙元化在关内关外隔绝的严峻形势下，团结辽东将士，借助红夷大炮，使得花大心血筑造的八城、二十四堡屹立不动。
后来孙元化大力主张以广宁城为抗满洲女真的前沿阵地，然后逐步修堡垒，一步步向前推进。朝鲜嫌弃花费过大，时间过久而未采纳其正确主张。
崇祯三年(1630年)一月，孙元化跟随孙承宗镇守天下第一关——山海关，三月成为山东按察副使，五月兵部尚书梁廷栋怜惜其大才，破格向朝廷荐用孙元化擢升登、莱二州巡抚。
孙元化在登州大力网罗精通西方科学文化之士，大胆募用西方人，组建了一支由27名西方人组成的外籍军团，使登州成为“东陲之西学堡垒”。
但是由于原来袁崇焕擅杀毛文龙，皮岛辽东众将哗变，登莱巡抚孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成等人，而且受到重用。孔有德被孙元化任命为骑兵参将，耿仲明则被孙元化派往登州驻守要塞。
崇祯四年(1631年)八月，皇太极率满洲女真军攻大凌河(今辽宁锦县)，辽东将领祖大寿被围困在城内，弹尽粮绝。孙元化奉命派兵赶赴救援。
孙元化成为莱登巡抚的时候，辽东百姓为了躲避战乱，跑到山东来居住的有10万余人，孙元化认为辽人可以一用，于是重用了一批辽东有经验有能力的将领。
现在要赶赴支援辽东地区，就下令让孔有德以800骑兵先行赶赴增援。
然而由于登州辽东将士与本地山东将士素来就有矛盾，孔有德抵达吴桥的时候，因为遇到大雨春雪，部队缺乏足够的给养，将士就在本地进行抢劫，故而被山东将士所排挤。孔有德受到毛文龙旧部李九成之子李应元的煽动，在吴桥发动叛变，史称“吴桥兵变”。
后来孔有德率领辽东将士杀回山东，接连攻陷山东临邑、陵县、商河、青城等几个大城池，直接逼近登州城。
孙元化火速命令张焘率辽东将士守卫登州城外，与总兵官张可大发兵抗击，两路成合击之势。然而张焘与孔有德是老相知，张焘的辽东将士随即投靠孔有德，张可大被孔有德打败。
与孔有德一起是辽东旧交的登州中军耿仲明、陈光福等人，辽东将士在城内响应，崇祯五年(1632年)，登州城被孔有德攻陷。总兵张可大自杀身亡，孙元化战败自刎未遂，被孔有德的辽东叛军所俘虏。
孙元化虽然身陷囹圄，但是他的确对孔有德等辽东叛将有恩，辽东将士也不敢轻易对他下手，反倒是孙元化对辽东将士晓以利害，明以大义，大部分辽东将士也是被裹挟参加叛军，加上孔有德自己也回过神来，自己在山海关内反叛没有好处，故而回心转意，请求招安。
朝廷也两眼一抹黑，干脆也同意孙元化戴罪招安辽人，但巡按王道纯却私自藏匿皇帝诏书，辽东叛军长时间无法被招安，认为朝廷没有诏安的意图，重新叛乱。
而孙元化毕竟在辽人心中权威比较大，居然又重新说服了辽东叛军，他和辽东叛军说明，他马上回京陈明真相。结果在孙元化返回京城的时候，王道纯居然派兵袭击辽东叛军，致使孔有德大怒，率领辽东叛军重新叛乱，攻陷莱州，叛乱进一步扩大。
辽东重新叛乱发生后，朝廷中很多人都弹劾孙元化已经反了。
后来孙元化、余大成等人被锦衣卫逮捕镇抚司，被余应桂、李梦辰、路振飞等人所陷害，在诏狱中遭到严刑拷打。
至此，孙元化有口难辩，被崇祯帝以叛乱之首判以极刑。
当时的内阁首辅周延儒想要赦免孙元化的死罪，屡次上奏崇祯帝，甚至还去向徐光启求救，然崇祯帝刚愎自用，无法听进任何意见，最终依然被处死。而后孙元化所谓的同党余大成、宋光兰、王征等人遣戍充军。
崇祯五年（1632年）七月二十三日，孙元化与张焘一同被处死，年仅51岁。
孙元化冤死一事，被他的儿子孙和斗写进了《国恤家冤录》这本书中。
他的遗体也被儿子和某些忠心的部下迎葬于嘉定南门外的荒圩中，墓前还立了一块石碑，上书“金都御史孙元化墓”。
著名西方传教士汤若望曾经在孙元化死前乔装成送炭工人入狱探望过他，并为他做最后的。
告解
孙元化死后，对风雨飘摇的明朝造成了四个沉重的影响。
一是经过毛文龙和孙元化两人被杀后，以孔有德、耿精忠为代表的辽东将士从此与明朝离心离德，再无诏安的可能。
二是孙元化一生重视西方科学， 是中国著名的西洋火炮专家。孙元化的理想就是以自己精湛的火炮技术报效国家，因为他与西方传教士走得很近，并且在他的倡导下，登州和嘉定都是西方科学文化的大本营，故而西方很多拥有先进军事思想的专家也甘愿为孙元化所用，明军的火炮技术和军事战略得到很大的提升，随着孙元化的死，西方军事专家派对明朝也彻底失望，并全部退出明朝军队，对明清战争冷眼旁观。
三是使得很多仁人志士与朝廷离心离德。比如孙元化最著名的儿子兼西方科协文化继承者孙和斗，屡次谢绝父亲部属的举荐，再也不愿为明朝的官（也没有成为清朝的官），一心不闻窗外事，潜心整理父亲的文稿，编成《水一方人集》。这既是孙家的损失，更是明朝的莫大损失。
四是孙元化的心血被后金国所得。孙元化的火炮技术和军事战略主要传授给了山东将士和辽东将士，山东将士不受明朝重视，但是以孔有德为代表的的辽东将士投降清朝之后，却大为受到皇太极的重视，可怜孙元化一生的本事一半归清朝所有。