足协杯第二轮比赛总共8场比赛，8支中超球队自动落位主队签位，8支来自中甲的球队则落位客队签位。其中山东鲁能和广州恒大成为第一档种子球队，北京国安和上港上港成为第二档种子队，其余四支球队为江苏苏宁、广州富力、武汉卓尔和天津泰达。
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另外，8支参加比赛的中甲队伍分别是进入冲超组的6强——成都兴城人居、梅州客家、长春亚泰、泰州远大、浙江能源绿城、昆山FC以及中甲第二阶段决出的梅州赛区和常州赛区第一名。足协杯第二轮将于11月26日打响。
苏州赛区：广州恒大VS昆山FC； 江苏苏宁VS梅州客家；天津泰达VS梅州赛区第一名；上海上港VS长春亚泰；常州赛区：北京国安VS成都兴城； 武汉卓尔VS泰州远大；广州富力VS常州赛区第一名；山东鲁能VS浙江能源绿城；而恒大完成联赛之后还有亚冠的赛事，因此足协杯很有可能派上二线阵容，亚冠对于恒大来说更为重要，因此对于恒大年轻球员来说是一个很好的机会。