公元前333年，亚历山大在波斯的战役进入高潮。在格拉尼库斯河畔的胜利仅仅是个开始，波斯王大流士三世亲率十万大军惩罚来自马其顿的侵略者。在伊苏斯古城附近，一场战斗即将发生。
一年前，公元前334年，格拉尼库斯河战役后不久，亚历山大征服了波斯辖地和小亚细亚西部。尽管初战失利，阿契美尼德帝国仍然能够轻易的将侵略者推回欧洲。波斯国王大流士三世，希腊人称其为科多曼努斯，已经在为反击马其顿人做准备。
亚历山大意识到他需要先消除由波斯舰队在这一地区带来的威胁，他有忠诚而且装备精良的士兵，但马其顿没有一支能打的海军，所以亚历山大的下一步的攻击目标是弗所、米利都和摩索拉斯的波斯港口以断绝波斯舰队在此地的影响力。这个目标完成之后，亚历山大向北部和东部进发，城市被一个接一个地攻陷。
弗里吉亚的古都有一个民间传说有关于他在戈尔迪乌姆期间的所作所为，著名的狄俄斯之结被认为是无法解开的，而亚历山大是将它用剑斩开，证明了预言中谁将解开绳结谁就会成为亚洲之王。但是，这是一个传说。虽然马其顿军队驻扎在塔尔苏斯附近，但侦察兵报告说，大流士在巴比伦纠集了一支庞大的军队。
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亚历山大立即将他的部队一分为二，并派他的副手帕曼纽去占据围绕伊苏斯的土地，以防止大流士和他的舰队合兵一处。在公元前333年的十一月初，亚历山大接到报告说，一支庞大的波斯军队推进到了叙利亚并在亚玛奴山脉扎营，所以他离开了伊苏斯并在亚述之门与帕曼纽集合。
大流士知道马其顿人守卫着通向贝伦的道路，所以他选择通过北线的亚美尼亚之门进入西里西亚并占领伊苏斯。他杀害了受伤和生病的马其顿士兵，亚历山大认为大流士会从东部赶来所以他不敢相信波斯人从北方来了。在另一边，波斯国王以为被夹在两支马其顿军队中间，并没有意识到帕曼纽已经和亚历山大会合。他离开城市去攻击那支相对较弱的的马其顿军队，而亚历山大同时决定北上来迎击他，因为他不想在波斯帝国的内陆行军时与波斯军队擦肩而过。
不久，大流士意识到他遇到的是整支马其顿军队，但这支队伍太过庞大以至于他无法回头，这使他开始寻找一个合适的地方，最终其决定在皮纳鲁斯河附近的狭窄的沿海平原上部署自己的军队。这不是一个战斗的好地方，一两公里宽的平原对大流士的部队来说太窄了，另一个缺点是它对骑兵的施展空间有限。
这是一个雨天，皮纳鲁斯河的两畔很滑，这让波斯步兵在对上马其顿方阵时有了些许优势，至少能撑到在沙滩上的骑兵进行突破了。大流士把他的骑兵单位列在沙滩上，因为这是唯一一处相对开阔且能打破马其顿人防线的地方，剩下的军队则在中央和左翼形成两列战线。希腊雇佣兵组成了波斯军队的一大部分，大流士还带了一部分著名的不朽者步兵。
在11月5日的下午，亚历山大到达了战场，他部署部队的方式和格拉尼库斯河战役时差不多。他战线的中心是萨里沙长枪重步兵，在两侧由持盾步兵和其他轻步兵单位组成。骑兵放在两翼，左侧塞萨利骑兵，直属亚历山大精锐同盟骑兵在右侧的最末端，他的副手帕曼纽领导者左翼。
战斗是由波斯骑兵的冲锋所打响，他们渡过河流冲向帕曼纽的骑兵试图以数量压倒他们，与此同时马其顿方阵向敌军中心前进。不久，他们步入了波斯弓箭手的射程，他们需要在跨河同时遭受弓箭手的威胁。成千上万的弓矢击中盔甲的声音，对士气造成了毁灭性的打击。但马其顿方阵始终前进着，这归功于平时的训练和严格的纪律。
当重型步兵试图保持队形并扰乱波斯阵型时，亚历山大开始让他的精锐同盟骑兵冲锋，希望冲破大流士的左翼。激烈的战斗开始了，两侧都有相当大的损失，在中心，服务于波斯国王的希腊雇佣兵取得了优势，打乱了马其顿人的阵型。在左翼，帕曼纽也在苦苦支撑，他需要不断地阻挡波斯骑兵的冲击。塞萨利骑兵久经沙场，但波斯骑兵的数量多出一倍，而且在当时被认为是最好骑兵。
亚历山大的同盟骑兵冲破了波斯人的防线，波斯左翼开始慢慢崩溃，事实上，这些骑兵是他获胜的唯一希望。他的军队寡不敌众，他在中央的步兵和左翼的骑兵都遇到了麻烦，承受数量上占优势的波斯单位攻击。他可以很容易在高地上看到整个战场并立即决定帮助中心的步兵。骑兵的冲击是致命的，由骑兵造成的伤亡，让马其顿方阵趁机反扑并消灭了波斯人的中军。
在短兵相接的战斗中，亚历山大发现了波斯国王，他和最精锐的士兵冲向了大流士。大流士意识到情况不妙于是决定撤退。当亚历山大紧追大流士时，大多数同盟骑兵冲到海边帮助即将崩溃马其顿左翼。当纳巴赞内斯，波斯骑兵司令，虽然他几乎就要赢得了战斗，但大流士撤退了，他也命令他的单位撤退，马其顿人紧追不舍并杀戮数百人波斯人。
波斯人很幸运，这已经到晚上了，所以亚历山大的军队没有追击他们太久。波斯国王大流士逃跑，他的军队四散奔逃，大约两万名士兵战死。在亚历山大的侧损失也很显著，在他率领四万人中，七千人战死，大多数都是他中部的重步兵。
大流士战败了，但战争远没结束，他是一个优秀的组织者，能够明智地利用自己的庞大帝国的资源，但这就是另一回事了。这是亚历山大对抗波斯人的第二个伟大胜利，这让他获得了进入叙利亚的道路，这开启了他征服者道路上的又一篇章。