清朝末年时，军队主要有以下几种：
一是八旗军，兵力约为13万人。
分布于京师与全国各地。尽管数量不少，但是已经严重腐化，战斗力极弱，上战场基本就是炮灰了。
▲八旗铠甲
二是绿营军，兵力约为46万人。
原本绿营军是因为八旗军战斗力下降所设，但在清朝末年时，绿营军和八旗军基本同一水平。
所以清廷一直在裁撤绿营，不过为了避免军队哗变，在清朝灭亡时，绿营还未裁撤完毕，依然有46万人的规模。
▲清末的巡防营，部分就是从绿营部队中精简出来的
三是新式陆军，兵力约为18万。
这也是清朝末年的主力，共有二十六镇，原计划是三十六镇，但还没来得及实现，清朝就灭亡了。最后训练完成的大概为十六镇。
陆军的前身是防军，设于乾隆年间，在八旗与绿营之外招募的临时部队，打完仗就解散。
▲小站练兵
四是乡兵、土兵、水师等，他们数量较少，而且与国内形势关系不大，故不算是主要兵力。
▲分布于全国各地的革命团体
在辛亥革命爆发时，清廷真正能控制的就是八旗军、绿营军、新式陆军中的禁卫军和第一镇。
新式陆军中的其他各镇和混成旅，大多不受清廷直接控制，由袁世凯和各地督抚等把持。
但八旗与绿营基本上没有战斗力，禁卫军主要任务是拱卫紫禁城。所以，清廷除了新军第一镇之外，已经没有直接掌控的作战部队。
▲驻守京城的八旗军
而且，很多南方的新军已经加入革命军的行列。因此，清廷只得依靠自己不太能控制的其他新军，他们中以袁世凯的北洋各镇实力最为强大。
在清朝灭亡时，北洋六镇各镇约有兵力1.1万人，其中第一镇多为旗人，由满人铁良实控，忠于清廷。
袁世凯实控第二镇到第六镇，约有兵力5.5万人。至于后来扩展到几十万人，则是后话。
▲袁世凯
综上，在辛亥革命爆发时，清廷可以控制的军队约为60万人，基中八旗军13万人，绿营军46万人，新军第一镇1.1万人，外加兵力不多的禁卫军。除了第一镇外，其他军队无法平息起义。
所以，只得依靠袁世凯的北洋军，兵力一共5.5万人。
以上。
参考资料：《清史稿》、《陆军营制饷章》