2004年，中国社会科学院考古研究所对殷墟大司空遗址墓葬区进行发掘，并随机从5座墓葬和1座灰坑中选取了保存完好的6例个体样品，送吉林大学边疆考古研究中心考古DNA实验室进行检测。结果显示，六个样本属于四个不同的单倍型类群，即D4、Z、N9a、D、D5、B5b。
其中，在单倍型类群中的“D”基因（编号为NO.4）非常特别，目前广泛分布在东亚、中亚地区，尤其在日本、韩国、中国南方特别集中，但奇怪的是在中原地区却分布极少。下图源自吉林大学研究报告，D4、Z、N9a、D、D5、B5b对应的编号为NO.1、NO.2、NO.3、NO.4、NO.5、NO.6。
这一张图存在多种可能，主要有以下两种：
1，殷人源于这些地区，或与这些地区的人有基因联系。结合D4、Z、N9a、D5、B5b虽然数量较少，但也广泛分布于东亚，因此可以说明殷人来源多元化。从殷人DNA来看，中华民族的多元化至少在中华文明起源时期就已经初露端倪。
2，殷人后裔分布广泛，商朝灭亡之后，殷人主动或被迫离开都城附近，从而流落各地，主要流落到了日本、中国南方等，DNA给出了商朝后裔下落之谜的一个全新的方向。从如今考古发现的诸多蛛丝马迹来看，的确存在这一可能性。
商朝灭亡之时，纣王十万大军正在东南作战，商朝灭亡之后，这些大军全都下落不明，神秘失踪。不少现代学者提出，商朝这十万大军的去向有三个，即留在原地，繁衍至今，导致如今南方“D”基因特别多；殷人东渡美洲，建立了玛雅文明，而玛雅文明正突然兴起于公元前10世纪，与殷人东渡时间非常吻合；东渡美洲的部分殷人，来到日本之后定居了下来。
殷人东渡，需要穿越茫茫大洋，看似荒谬，其实从福建或广东出发，顺着太平洋黑潮，是能够漂流至美洲大陆的。1852年，美籍华人乔治·休率众驾小艇八艘，从广东下海，随后进入黑潮，果然漂流至加利福尼亚。穿越大洋途中，正好要经过日本，或许途中遭遇暴风雨，部分商朝后裔就此流落日本。
除此之外，还有一个分布非常有趣，即西北地区。
我们都知道，在周朝西北地区，后来形成了一个强大的秦国，那么秦人到底起源于何处？
从史料上看，“秦为西戎”的观点古来有之，关东六国往往认为秦人为戎族。司马迁的《史记·秦本纪》中，提到“在西戎，保西垂”，说明秦人源自西方。近代国学大师王国维在《秦都邑考》中，也指出“秦人祖先，起于戎狄”。
清华简《系年》的第三章揭开了秦人起源之谜，原来秦人其实是商人后裔，继承的是商人文化。周武王去世之后，商朝残余力量不满周朝想要复国，于是发动了武庚之乱（又名三监之乱），一个叫飞廉的人参与武庚之乱，被击败之后逃回商盍（运奄氏）的地盘——大约从山东到苏北，而飞廉与运奄氏就是嬴姓秦人祖先。
由于秦人先祖不服周朝，一心想要“反周复商”，于是周朝政府就将之强制迁徙到了西北地区。后来，吸取殷商文化、西北异族文化、周人文化的秦人，慢慢在西北地区壮大，最终成为一个令人可怕的强国。与此同时，秦人先祖这一次迁徙也将殷人基因带到了西北地区。