区别一：形式上不同
违法建筑是指未取得规划许可或建设许可，擅自建筑的建筑物或者构筑物。
拆迁是指根据城市建设规划要求和政府所批准的用地文件，依法拆除建设用地范围内的房屋和附属物，将该范围内的单位和居民重新安置，并对其所受损失予以补偿的法律行为。
由此可以看出，两者的定义完全不同，且从两者的程序上，违法建筑拆迁和房屋征收/拆迁，也是两种不同的程序，征收/拆迁则一般都会有相应的公告、测量评估、裁决(征收决定)、强拆等程序，而违建建筑则是由认定违法建筑的相关行政部门（规委、国土，乃至城市综合执法大队）进行调查取证后，下发违法建筑认定书，乃至强制拆除通知书、施行强拆行为，所以，二者从内容、程序、形式上存在很大不同。
值得注意的是违法建筑拆迁和房屋征收/拆迁发生混同，是因为征收拆迁过程中，征收/拆迁方想利用违法建筑的拆除方式绕过征收/拆迁相关的法律法规，达到快速拆迁的目的。
区别二：法律法规上不同
违法建筑的概念，是2008年《城乡规划法》颁布之后，才有了违法建筑这一说法，而之前都叫做违章建筑。认定为违法建筑的情形可参考《城乡规划法》第六十四条至第六十八条，一般都是根据上述法律规定而认定的，也有的是根据《土地管理法》的规定认定的，譬如：违反了土地使用性质等情形，常见的是利用集体土地建设房屋后，被认定为违法建筑。
征收拆迁适用的法律法规较少，国有土地上的房屋征收是依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》（征补条例），而集体土地上还没有统一的法律法规，一般是由当地政府参考“征补条例”或《城市房屋拆迁管理条例》（已失效）而制定出来的。
综合全文，法律法规不健全、征收拆迁程序比违法建筑程序认定复杂，且运用违法建筑拆迁房屋可快速达到征收/拆迁的终极目的，所以，利用违法建筑拆迁成为很多地方征收/拆迁办的首要选择。
区别三：对抗策略
之前英淇征收拆迁律师团写过，即使被认定为违法建筑，拆除时也是可以获得部分补偿的，所以，您在遇到征收、拆迁办说“认定为违法建筑，一分钱不补偿”的情况时，不要相信这种说辞。
认定违法建筑到实施拆除，都要符合法律规定，但现实中，很多职能部门进行违法建筑的认定，却存在很多问题，因此，可利用程序及法律适用等方面作为维权的突破口。
英淇征收拆迁律师团总结出“三个阶段、四个具体行政行为、七个单子”的维权方法，该方法可以有效的帮助认定为“违法建筑”的当事人通过法律途径维权。
而征收/拆迁的维权手段有所不同，要结合征收项目情况，利用“连环诉讼法”帮助当事人维权，二者所调查取证、诉讼程序、策略等等都有所很大的不同，所以，当您遇到上述问题时，建议您咨询专业征收拆迁律师为您全面分析其中存在的问题!