《海贼王》中，别看草帽海贼团出道以来各种的一帆风顺，遇到各种的强者都是吊打和化险为夷，总能够平安无事地在伟大航路晃荡。但其实，草帽海贼团还是有几次团灭危机的，一个处理不好，他们就有可能全员战败了，偏偏的，尾田总是能够制造各种各样的理由和际遇让的草帽海贼团安然度过。
黄猿团灭过草帽海贼团：
要说草帽海贼团团灭印象最深的一次，那肯定是香波地岛的时候了，偌大的草帽海贼团被黄猿搅得分崩离析，一个能打的都没有。要是这么下去，草帽海贼团早就被黄猿团灭了，偏偏的，雷利和熊出来救场了，雷利挡下了黄猿，熊将草帽海贼团一个个全部送走，危机解除。
青雉差点团灭草帽海贼团：
别只知道个黄猿，其实青雉曾经也是差点团灭过草帽海贼团的，只不过是青雉放过了草帽海贼团。在罗宾逃生的旅途中，其实青雉都有追踪过的，罗宾最后一次搭上了草帽海贼团，青雉遇到了差点就团灭了草帽团，但是最后青雉并没有碍于海军的身份而消灭草帽团。
熊也放过了草帽海贼团：
在恐怖三桅帆船篇章中，草帽海贼团打败了七武海莫利亚，一群人几乎都是伤痕累累，无力再战，偏偏这个时候同为七武海的暴君熊登场了。眼看草帽海贼团团灭之际，索隆站出来扛雷了。其实熊也不是要消灭草帽海贼团，顶多就是给草帽海贼团一个考验，让得他们伙伴之间的羁绊更深。
金狮子一招埋葬了草帽海贼团：
作为旧时代的三大传说海贼之一，草帽海贼团也是与金狮子遇到过的，在金狮子的能力下，曾经一招就团灭了草帽海贼团，掳走了娜美。不过嘛，这是剧场版，草帽海贼团是越战越强的，多少的老辈强者都是草帽海贼团的垫脚石。虽然团灭过草帽海贼团，但最后还是被路飞翻盘。
佩罗娜几乎团灭草帽海贼团：
最为不可思议的一次，那就是佩罗娜曾经也是几乎凭一己之力团灭草帽海贼团的。她的幽灵果实具有消极的作用，一招之下把草帽海贼团的主力部队团灭了。但是草帽团出了乌索普这个BUG人物，愣是逆风翻盘反杀了佩罗娜，只能说草帽海贼团里乌索普用好了也是一尊大神战力。