自从曹魏实行“九品中正制”以来，门阀士族又踏上了新的征程，地位开始稳定提高。
其中九品顾名思义是官员等级，而中正是评估这些官员品级的官员。
到两晋初，晋武帝司马炎又在“九品中正制”的基础上实行了占田制，使得门阀不光政治地位提高的同时，经济也有了一定的主导权。
及永嘉南渡，出身琅琊王氏的王导、王墩兄弟帮助晋元帝司马睿重建了东晋，门阀士族进入全盛时代，史称“王与马，共天下”。
在这时期，王墩掌军、王导主政，而朝堂官员也多出于他们的故旧门生，琅琊王氏地位之高，作为天子的司马睿也要给他们几分薄面。
而之后颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏分别崛起，贯穿东晋一朝，可以说门阀之显赫，在他们身上体现的淋漓尽致，但是到南朝以至于隋唐就风光不再，所以中间经历了什么？以至于几乎完全衰落？看看时间跨度，和比较著名的历史事件就知道，不是完全没有道理。
王谢故居-乌衣巷
先是琅琊王氏独大，滋生了王墩的野心，开始密谋反叛朝廷，元帝子明帝司马绍最终平定，开始各门阀互相牵制，制衡时代。
王墩之乱-门阀全盛到互相牵制
前面也提到过王导主政、王墩掌军，朝廷官员大多出于王氏的故旧门生，这逐渐滋生了王墩的野心，准备以王氏取代司马氏，开创政权。
永昌元年（322），王墩开始向东晋国都建康进军，并很快攻占，但同出身于琅琊王氏的王导，因为考虑到利害关系，并没有支持王墩，选择站到了明帝一边。
个中
在他看来，司马氏仍然占据大义，容易引起司马氏的反抗和其他门阀的声讨。匹夫无罪怀璧其罪，本身成了第一望族，再取代，结果也可想而知，多少人忌恨也不是完全没有道理。
所以明帝司马绍倚仗王导和其他重臣很快平定了之乱，之后利用琅琊王氏和吴中原有的士族-朱张陆顾以及其他南渡士族之间的矛盾冲突，使得各门阀互相制衡，这也是东晋这个开国就呈现亡国之象的王朝能奇迹般的挺过百年的根本原因。
王墩
第二个主要原因就是到末期，门阀皇族内讧，使得寒门崛起。
孙恩之乱-门阀皇族内讧，导致刘裕等寒门崛起
到东晋末期，因为门阀士族垄断朝堂，普通人没了上升渠道，孙恩卢循先后崛起，并且攻占了朝廷大片州县，此时刘牢之奉命讨伐，倚靠其子刘敬宣和心腹刘裕等很快平定了孙恩之乱，刘牢之刘裕等相对寒门的军人逐渐抬头。
到谯国桓氏的桓温幼子桓玄和皇族内讧，刘牢之很快投靠了桓玄，指示皇族司马道子被杀。桓玄逐渐掌握了朝堂，并准备改朝换代。
及至称帝，使得众多人开始不服，刘裕利用自身威望率领北府兵旧部1700余人，在京口举兵起义
最终平定桓玄，摇身一变成了再造山河、安定内部的大功臣。
后来的事情，我们也就清楚了，刘裕多次北伐、又实行义熙改革，到420篡晋建宋，开创了新政权。
继位后，出于自身集权需要，冒天下之大不韪杀尽皇室、打压士族，使得魏晋以来的士族受到惨烈打击。
再次就是刘宋孝武帝刘骏继位后，开始寒门掌机要的时代，门阀士族在政治更加边缘化。
宋孝武帝刘骏继位-寒门掌机要
当刘宋元嘉北伐之后，南北朝彼此都元气 大伤，免除了外在的威胁和压力，刘宋皇帝开始改革内政，及孝武帝刘骏继位之后，开始重用戴法兴、巢尚之、徐爰等人处理中枢机要事务，形成后代所谓"寒人掌机要"的政治局面。
而由士族担任的尚书令、尚书仆射只剩下在公文上签名的权力。同时又分设两位吏部尚书，取消五兵尚书，将人才官员的铨选大权彻底收归皇帝手中。孝武帝的集权化统治也被史书称为"主威独运，官置百司，权不外假"。 孝武帝同时重用江东寒门沈庆之与北人柳元景，开启河东柳氏和吴兴沈氏时代。
伧荒
彼时以王谢为首的顶级门阀，实力衰弱厉害，只剩昔日声望维持望族体面。所以南朝的琅琊王氏和陈郡谢氏是声望大于实力的时代。
此后这项制度一直被南朝帝王所延用，但到了南梁末期，侯景之乱时，对于江左门阀才是灭顶之灾。
侯景之乱-王谢等顶级门阀的灭顶之灾
在南梁后期，因为梁武帝萧衍大兴佛寺，使得南梁国力衰退严重，彼时在北方东魏、西魏的实际掌权人物是枭雄高欢和宇文泰，这也就使得国力此消彼长，南朝势力开始落后北朝。而北方叛将侯景投降南梁又再次叛乱，甚至攻入东晋国都建康 ，将以王谢为首的世家大族屠杀殆尽。南北朝颜之推曾云：
中原冠带，随晋渡江者百家，故江东有《百谱》；至是，在都者覆灭略尽。
王谢辉煌从此不复，及至隋唐，著名诗人刘禹锡也只能用“旧时王谢堂前燕“来形容类如王谢等两晋南朝一流高门的衰落。
王谢两门，因制度与机遇而兴，因在特殊的历史事件时，人丁衰落、没有好的家族决策而衰，一流高门到泯然众人，不过数百年，令人唏嘘。