新疆位于我国的西北地区，这里自古以来就是我国的领土。早在汉朝的时候，我国就在新疆设立了专门管理新疆各少数民族事务的机构—西域都护府，在此后的历朝历代，也一直都没有放弃对新疆的管辖。
清朝末年，浩罕国阿古柏和沙俄趁着新疆爆发战乱，侵占了新疆的大部分地区。清末重臣左宗棠后来自己筹措军粮，出兵剿灭了阿古柏势力，将沙俄从新疆伊犁地区驱逐了出去，收复了新疆。民国时期，虽然中央政府变更过快，无力管辖新疆地区，但是新疆历任领导人都很聪明，一直都没有让新疆分裂出祖国。
解放战争末期，在各方人士的努力下，新疆警备区司令陶峙岳率领驻扎在新疆的国民党军部队起义，改编为解放军22兵团，新疆三区革命民族军则改编为中国人民解放军第五军。新疆和平解放之后，王震率领第一野战军第一兵团第二军，第六军进驻新疆。新疆刚解放的时候，当时驻扎在新疆的部队有几十万，这些部队的粮食都要从青海，甘肃等地运输，为了减轻运输压力，也为了减轻当地老百姓的负担。1950年1月，驻新疆的解放军部队开始把主要精力投入到生产建设中，当年就实现了粮食的大部分自给，食用油和蔬菜的全部自给。
1954年10月，为了巩固国防，也为了部队能够在新疆长期扎根下去，中央政府命令驻新疆的中国人民解放军第一兵团第二军，第六军大部，第22兵团全部，第五军大部，集体改编为“中国人民解放军新疆军区新疆生产建设兵团”，其使命是劳武结合，屯垦戍边，受新疆军区和新疆分局的双重领导。
在新中国刚建立的时候，当时中国刚经历过几十年的内战，很多地方人口稀少，生产力低下，成立了很多新疆生产建设兵团，如内蒙古生产建设兵团，云南生产建设兵团，黑龙江生产建设兵团等。但是后来由于时代发展的需要，这些兵团都先后撤销，唯独新疆生产建设兵团保留了下来。
时至今日，新疆生产建设兵团已经发展成为了拥有14个师100多个团2200多个连队320万人的规模。值得一提的是，很多不了解新疆生产建设兵团的人都认为该兵团的师就是军队里的师，其实不是，新疆生产建设兵团的师大部分是县级市，如石河子市是兵团第八师，阿拉尔市是兵团第一师。不过新疆生产兵团的各个城市又不能完全等同于内地的城市，兵团的各个师承担着稳固国防，促进边境长治久安的特殊使命。