对日本历史了解的人，都会知道古代日本相对于其它东亚国家有一个重要的特点：公武并存，皇室虚化。这里的“公家”指的是皇室与公卿贵族，他们在日本历史上长期存在，但是并不掌握实权；日本的实际世俗权力掌握在另一大势力手中——武家，即著名的“武士”。
“公家”与“武家”的关系一直是日本史研究中的重要课题，作为中国文化背景的旁观者，对日本古代这么一套体制首先一般是困惑的，因为在东亚地区，正规的政治制度是中国的秦制——即大一统的封建王权，中国、朝鲜和越南都是如此，从来不会出现所谓的“武士阶层”。那么，日本究竟是什么情况，演化出这种“公家”和“武家”并存的独特局面呢？
德川家家徽和天皇的菊花徽章
这就要了解下日本国情。
现代意义上的“日本文明”起源于“弥生时期”（公元前300年－公元250年），这一时期，从东亚大陆的中国、朝鲜半岛等地的大陆移民集团移民到了日本，征服并融合了日本列岛上的“绳文人”（大概3.8万～1.8万年前从大陆集团中分离出来的日本原住民），带来了先进的农耕等技术，使得日本西南地区发展出了文明。
于是，日本列岛西南部（九州岛北部、四国岛北部、本州西部）渐渐发展出了一些小的部族、村庄，这些小的聚集地受不同的贵族统治，形成不同的氏族集团，大概3世纪后期，近畿地方一个比较大的部族（中国称呼的“倭国”），经过长期的扩张，并且逐渐征服日本中部大部分地方，至5世纪末，这股势力已经在西日本建立了公认的霸权，这个政权，日本人自己称呼为“大和”（倭的同音优雅字就是“和”）。
一直到这个时候，日本的历史演化都比较平常，和其它民族形成文明的过程很相似：形成不同的氏族，再到不同的氏族联盟，最后选出联盟老大，中国的“夏商周”三代的过程大体也是如此。
这个时候，首领（日本人称呼为“大王”，后改称“天皇”）最重要的角色都是各部族之间的协调者，并没有封建帝王一样有着完整的权力，日本皇室以及部分知识分子对日本国内这种松散局面非常不满，尤其是一些“遣唐使”去了唐朝之后，见到中华彬彬文物后，更是对大一统的封建体制深感认同。公元645年6月，日本皇室中的激进派刺杀了一些豪族领袖，对政权控制力提升，孝德天皇颁布《改新之诏》，推行政治改革，史称“大化改新”。
这对于日本的意义几乎相当于秦朝建立对于中国的意义，日本终于成为了一个正规的封建国家，皇室有绝对的权威，为了神化皇室，日本不断创造神话传说，增加皇室的神秘性，于是《古事记》等一些过于怪诞的“日本古代史”作品也出现了。
之后，日本模仿唐朝的制度进行了一些了中央集权制的改革，如果按照中国的道路继续走下去，那么日本之后的历史进程将和中国一样：一个个的封建王朝，一轮轮的改朝换代。不过，事实上，中日相似的道路到此为止了，这之后，日本走上了一条和东亚其它国家完全不一样的路子。
这和日本的特殊国情有关，日本“大化改新”后进行了封建改革的确使得国家欣欣向荣，但是，并不是所有的改革都行之有效，在军队改革上，日本就失败了！
正规封建政权的军队应该是什么样的呢？当然是由皇室控制的常备军了，最初改革的设想也是这样的。8世纪初期，日本政府就宣布有权征召除贵族外的所有男子去军队中服役，天皇可以征调他们去各地驻守征战（这种人被称为“防人”）。但是，许多青年男子都不愿离开家乡，日本古老诗歌集《万叶集》中的很多诗歌就反映出这种为丈夫和儿子离开家乡去戍边而感到哀伤的女人们的感情。
“身为防人，拂晓出家门；牵手惜别离，哭泣阿妹心”——《万叶集》
这种情况，在中国古代有吗？当然也有，中国的诗歌中也不乏“浊酒一杯家万里”这类的佳句，不过，中国封建政权能力很强，能控制这些男人；但日本不同，日本有一个很大的特点就是国土离散，日本全境山川极为复杂，少数平原被山川划分的支离破碎，交通不便，核心板块（早期通常是关西平原）实力有限，这极大限制了中央集权的程度。于是，日本的军人是流亡不断，朝廷也没有能力进行控制。
日本地形非常复杂，古代无法形成大一统的国家
显然，这种“征兵制”是失败的，那如何解决这个问题呢？只能招募当地人当兵，让这些“乡土部队”来维持家乡的法律和秩序；平安时代早期（8世纪末—9世纪初），日本准备向北扩张（日本北部由日本本土原住民“虾夷”占据，“虾夷”现在只在北海道有零星分布，被称为“阿伊努人”），天皇被迫向地方世家豪族求助，豪族们动用自己的势力，给皇室征战，迅速征服了北日本的大部分地区。
“乡土部队”后来形成了团体，还掌握了土地资源，于是成为地方上的事实统治者；而世家豪族的子弟为皇室征战后取得了北日本很多地方的控制权，为领主守卫“庄园”，而领主们呢？也会给他们分封一些土地，作为给他们的报酬，于是，土地就一级一级的分封下去，这些“武士”，实际上就成了封建主，所以，武士集团并不起源于古都京都，而是关东地区，这是当时日本的边境地带。
注：8世纪后，日本庄园制度让开垦耕地的人永久拥有耕地，他们结合成利益集团，更武力兼并庄园，日本至12世纪末已是庄园遍布，庄园主几乎成为封建主，而内部由于层层进献又形成封建等级制度，渐成各地武家实力的来源。图为8世纪的奈良时代庄园地图，藏于东京国立历史民俗博物馆，
到11世纪，“武士团”已经演变成大规模的武装组织，而此时日本国内混乱，源平两家（这两家实际是不同天皇的后裔，当时的规则是除了嗣子外，其它诸子都被排除到皇室之外，作为补偿，给予他们土地和地方官职）不断相争，不同的武士集团也依附于他们两家对抗。
由于以武士为代表的军事贵族兴起，传统的皇室和公卿贵族的世俗权威已经大幅下降（武士集团掌握了土地资源，掌握了人力，掌握了很多地方的实际控制权，已经无法被节制），在长期的演化中，“武士团”逐渐从分散走向集中，聚集在一地 区最强大豪强贵族的旗下，形成武士集团，几乎取得了日本绝大多数地区的控制权。
12世纪后期，日本皇室继承问题出现争议，不同派别的武士集团齐聚首都京都，源平两家爆发大规模战争， “源氏”最终胜利，此时朝廷实际上已经依附“源氏”势力了公元1192年，源赖朝被天皇封为“征夷大将军”（原为大和朝廷为对抗虾夷族所设立的临时的高级军官职位，本应于停战时即功成身退，以后的幕府将军皆袭用“征夷大将军”之官位） ，他创立幕府，统帅天下军政，这标志着武士时代的来临。
不过，此时的皇室也并不能说就完全是“吉祥物”，公卿的官僚机构仍能利用国司等官职行使部分权力，并有着强大的传统影响力，于是“公武两家”共同管理日本。
幕府政权和中国的封建王朝有些不同：将军虽然是事实上的最高统治者，但实际上并不能像皇帝一样一言九鼎，“将军”实际类似于“武家盟主”，即最强大的武士集团的首领，大家服他而已。13世纪后期，蒙古袭击日本，日本损失惨重，然而幕府却没有给抵抗蒙古侵略的武士集团深厚的赏赐，镰仓幕府的统治日渐衰败，权威大减。
同时，皇室中不满武士专权，企图恢复天皇权威的势力趁机一起倒幕，把镰仓幕府推翻了，经过一阵混乱后，新的“武家盟主”出来了——1338年，新天皇任命足利尊氏为将军，新的幕府在京都建立起来，即室町幕府；但妄图恢复皇室权威的后醍醐天皇不满此局面，跑到京都以南的吉野，自称正统，于是日本形成了“南北朝”，1392年，南朝被北朝吞并，“室町幕府”继续成为“公武统一政权”的实际领导者。
室町幕府权威不够，由于没有聚集足够的财富与声望，其它武士家族开始在自己的地盘上各行其是，日本国内动荡，原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，称之为“下克上”，15世纪中期，由于将军的继承问题发生冲突，足利家族和各地方武士家族之前矛盾再度激化，相互混战，这便是日本历史上著名的“应仁之乱”，打了十多年，京都打成一片废墟，幕府也成了空架子（1573年室町幕府被彻底消灭）。
于是，日本出现了100年的混乱，这段时期日本全国没有出现任何一个能名义上控制全国的势力，上百个地方武士势力遍布日本，互相征战，日本人称此为“战国时期”。
那皇室呢？皇室倒是在京都保存了下来，但处境极为惨淡，甚至连饭都吃不起，世俗权威几乎完全衰落……
由于日本这种特殊的国情：天皇虚化，这导致各路豪杰在争夺江山的时候基本都没考虑取代天皇，因为这是一件成本极高（对日本国民心理冲击极大）却没有任何政治收益（天皇不应该管理政事，这几乎已经是政治规则）的事情，因为类似中国王朝一样的大一统封建体制在日本是不现实的，日本的最高统治者只能是幕府将军这种“江湖共主”，而天皇摆着当成象征就行，由于历史惯性，武士集团的首领也不太想争夺这个象征，因为阻力很大，有历史学家认为织田信长就是因为显露出了对皇室不敬，才遭遇“本能寺之变”的。
日本历史上唯一一位自称“新皇”的也就是平将门了（图为筑土神社的平将门像）。总体来说，随着历史演化，日本“武家”的权威性越来越强，而“公家”则越来越弱，毕竟，日本实际的土地，人口，财政都是“武士集团”控制。
在混乱中，日本也渐渐走向统一，终于，在1603年，德川家族取得了胜利，在天皇的委任下，德川家族成为新一代“征夷大将军”，他也创立了日本历史上最后一个武士政权——江户幕府。
江户幕府是日本历史上最严密、集权程度最高的封建政权，幕府直接控制了日本约1/4的富庶土地，以及江户、大阪、京都、长崎等重要工商业城市以及主要的矿山，并拥有占绝对优势的军队，其余武士首领（大名）必须臣服与德川家。幕府颁布“一国一城令”（各藩除藩都以外，所有城堡一律夷平）、参觐交代（1633年幕府强制实行，命令诸侯经常定期来回江户觐见，在江户城留府供职，大名一年留国一年留府，关东地区之大名更须每半年觐见一次，大名留国其间，须将妻子定居江户府上）等制度，实现了一定程度的集权。
江户城
此时江户幕府几乎如同一个封建王朝，那皇室呢？皇室的地位被压到很低，1615年9月9日，《禁中并公家中诸法度》发布，规定天皇的活动限于追求传统文学及执行礼仪、公卿的委任须有征夷大将军的同意，而且将军有权干涉皇家的婚姻以及以宗教名义强制安排皇族成员出家修道。
皇室和公卿基本不敢忤逆幕府，幕府权威远高于皇室，比如著名的“紫衣事件”：江户幕府为了管理寺院，禁止朝廷任意授予紫衣、上人称号，1627年，后水尾天皇依照从来的惯例通则，未咨询幕府，敕许十数位僧侣着用紫衣。幕府表示自己没批准，敕许状无效，京都所司代（幕府在京都的机构）以违反法度命令朝廷取消紫衣。1629年，幕府将反抗幕府的高僧全部流放东北。
江户幕府运行二百多年，一直到幕末内外交困才退出历史舞台，维新志士们为了维护合法性，又将衰落数百年的皇室搬了出来，但皇室的神秘感仍然很重，基本不过问具体政事。
而武士阶级呢？中下层武士是“倒幕”的核心力量之一，不过作为一个封建阶级，武士在新的时代也不合时宜，这使得维新成功后，大量武士和新政府又起冲突，而最终，“武士阶层”以极为惨烈的方式退出历史舞台——1877年西南战争，叛乱的武士阶级最终战败，日本700年武士时代最终谢幕。