在很多文学作品及清宫剧中，经常能见到官员被皇帝处罚的情况，有罚俸、降级、革职以及充军、斩首等。清代作为最后一个封建王朝，在官吏惩戒制度上是十分完善的，上面所列的这些处罚，即包含有行政处分和刑法处分两种。
行政处分
行政处分分为定期和不定期的。定期指的是朝廷对官员进行定期普通考核，对不合格或者是违法犯罪的官员实施的行政处罚。清代全国性的官员定期考核有两种，即一年一次的考核和三年一次的考核。
一年性考核主要是针对地方官的，督抚在年终要对属员进行密考，当然也包括一些特定领域、特定行业的年内考核。不过，这种年终考核方式制度并不是十分规范，在实际执行过程中也不是十分稳定和统一。而且，最终都是由皇帝裁决，有很大的主观因素。
而三年一次的考核就比较规范。从天聪八年（1634年）开始，清政府就沿袭明制，实行“考满”。所谓的“考满”就是俸满三年的官员，移送吏部、都察院考核，督抚则和京官一起考满。考满各官，办事勤勉称职而无过犯者，准加授官爵；平常者，照旧供职；不及者，降一级调用；不称职者，罢黜。不过，到了康熙初年时，实行了30余年的考满制度被废除。
此后，每三年对京官实行“京察”，地方官实行“大计”，武职实行“军政”。每次考核的标准都以“四格”（即才、守、政、年四项）、“八法”（即贪、酷、罢软、不谨、年老、有疾、浮躁、才力不及等八项）。并以此为标准对各级官吏进行升迁罢黜。
不定期的考核，是在一年一次和三年一次考核惩戒之外的其他经常性的惩戒，即官员一旦过犯事发而进行的处分。根据处罚的程度不同分为几个类型。
一是罚俸，这是一种比较轻的行政处分。罚俸是对过错官员扣发俸饷，但仅是罚应得之正俸，不包括养廉银。罚俸是以年月为单位的，分为七种：1个月、2个月、3个月、6个月、9个月、1年、2年。若因公罪罚俸准以其记录、加级（记录加级是官员表现良好但又足以升职的一种奖励，在吏部备案）抵消；若因私罪罚俸，则不准抵消。
二是降级，分为两种，一是降级留任，二是降级调用。前者就是其现任之级递降，照所降之品级拿俸禄，但仍留原任。其中降级留任又有降一级、降二级、降三级三等；后者即视现任之级实降调任，以级之差，分为降一级到降五级等，如果无级可降，则予以革职。
三是革职。革职是一种较为严重的处分，即官员被免去现任官职。革职处分中，又因情罪轻重而有别，轻者为“革职留任”，重者“永不叙用”。革职永不叙用，即革职之后，永远不得再入仕，这是清朝行政处分最严厉的处罚。
刑法处分
官吏如果被处以革职永不叙用后，尚不足以抵其罪，则要进入司法程序，交刑部予以刑罚惩戒。清代官吏刑罚制裁的类型很多，由轻到重分为笞、杖、徒、流和死刑。
法定的死刑有两种，即“绞”和“斩”，但无论是绞还斩，都分为两种：一是“决不待时”的斩立决、绞立决；二是斩监侯、绞监候。正刑之外，还有一些死刑，如凌迟、枭首、戮尸等等，此外还有五花八门的“自尽”之法。
“笞”是五刑中最轻的一种刑罚，按照《大清律例》，笞的情形有31种，与官吏有关者，如：已除官员赴任无故过限1天者、官吏假满无故不还职时日1天者、官文书迟滞4天者等，笞20。
“杖”相比“笞”要重一些，清代的杖刑是用重2斤的打大竹板进行责罚，杖刑分为五等，分别为杖60、70、80、90、100。《大清律例》中，指向官吏的条文共有55条之多。
“徒”是剥夺罪人一定期限的自由并强制其服劳役的刑罚。凡是徒刑必加有杖刑，分为五等：徒1年杖60、徒1年半杖70、徒2年杖80、徒2年半杖90、徒3年杖100.
“流”是一种将罪犯押解到边远地区服劳役，并不得离开的刑罚。即所谓的“不忍刑杀，流之远方。”清入关后，流刑被纳入法定正刑。其中分为2000里杖100、2500里杖100、3000里杖100三种。此外，清代流刑还有一种特殊的形式称为“发遣”，即将罪犯发往吉林、黑龙江、伊犁等边疆地区为奴。
作为一种附属性的刑事处罚，清代官吏犯罪往往还伴有没收财产。《大清律例》规定，官员犯赃、亏空钱粮等，必须监追赔补，如果逾期不完，即没收财产入官。