1944年初，太平洋战场的战略优势已经全面倒向美军了，日军非但不承认失败，反而开始大肆扩军，希望用几场关键性的胜利一举扭转颓势。8月，日军开始在菲律宾扩军，第14军扩编为第14方面军，除了9个满编的师团和3个旅共计23万人外，日军高层还将剩余的较有战斗力的海军部队悉数调集到该地区。在一番调整后，整片地区的日军部队总数突破50万，当然，这只是账面实力，其实真正有战斗力的仅仅占其中一部分。
这也算得上是二战日军最后一支比较成规模的部队了，高层经过一番考虑，最终将这支部队的统帅权交给了山下奉文。美军方面的应对工作也做得相当充分，1944年10月20日，麦克阿瑟兑现了他的诺言，带着规模庞大的舰队重新回到了菲律宾，而美军进攻的突破口便是莱特岛。莱特岛战役分为陆战和海战，莱特岛海战相当有名，“大和”号的姊妹舰“武藏”号惨遭击沉，相比之下显得默默无闻的陆战却更加惨烈。
莱特岛海战后，日军丧失制海权，莱特岛上的第16师团也陷入溃败，仓皇撤出。但高层却计划通过一系列出其不意的进攻，重新夺回主动。为此，日军制定了一套险中求胜的策略：他们计划利用台风季节的恶劣天气，偷偷往莱特岛上增兵，然后对美军发动突袭，一举将对方击溃。计划听起来很完美，但这份计划执行不久，莱特岛就成了日军的地狱。
起初，日军的计划还是有一定效果的，恶劣天气确实让 美军放松警惕，当莱特岛的日军总数达到7万时，美军居然还不知情。但人算不如天算，11月中旬，台风季节突然停止，天气转晴，美军又无意间破获了日军密码，发现了日军一系列军事活动，立刻推测出了日军的意图。紧接着，美军在第一时间出动347架飞机，对莱特岛南部地区展开了夜以继日的狂轰滥炸，最终，这7万日军几乎全军覆没，因为慌乱而冲进海中淹死的就不下1万人，精锐的第一师团只活下来743人。
眼看夺回莱特岛是没有可能了，日军又将目标转定为吕宋岛。美军这次直接没有给日军任何机会，出动各类舰艇超过850艘，将吕宋岛团团包围。岛上日军本身就缺少补给，被美军打击后迅速陷入溃败。然而日军高层却不准该岛守军投降，无奈之下，日军部队智能化整为零，藏入丛林中与美军周旋。
在热带雨林中，首先向日军发难的是各类热带疾病。在很短的时间内，因为患革登热和烂脚病而身亡的日军士兵就数以百计，随后，一种叫“回归热”的疾病开始蔓延。这种病非常有趣，患者最初会高烧数天，然后突然好转，接着又开始发烧，如此循环往复，周期却不断缩短。患病的日军士兵根本没得救，他们只能在绝望中等死。
在疾病肆虐的同时，饥饿也在摧残着日军。他们几乎吃遍了岛上所有能吃的东西，首先是野果和野生动物，其次是各类昆虫，最终连树皮都被啃光后，不少日军士兵被迫吞食泥土。后来，饥饿剥夺了日军士兵的人性，他们开始残害战友为食。曾有几名饥肠辘辘的士兵被一名日军军官打骂，到了深夜，这几名士兵偷袭了长官，并将长官当成了一顿美餐。一名叫做荻原长一的日军士兵就在回忆中提到，他不但目睹战友们从其他战友大腿骨上剃下肉，他还亲口品尝过，“有种奇特的香味”。
日军在菲律宾战役中倾注了最后的精锐力量，有超过50万军队作战。这其中有个很有趣的说法：日军的惨败，陆军完全是被海军坑了，因为海军谎称全歼了美军舰队，大本营头脑一热，才让方方面面处于劣势的陆军发动反击。根据《日本陆海军事典》统计，此役日本陆军阵亡36.87万人，海军阵亡11.79万人，加上民兵等其他武装，损失人数超过50万人，美军伤亡最多不到3万。放眼整个二战，日军都很少打如此大规模的战役，更别说吃这么大的亏了。值得一提的是，被美军用枪炮消灭的日军，只占这个数字很小的一部分，大多数人都是在饥饿和疾病中等死，或是死在自相残杀中，这样的过程实在是太过惊悚了。