中法战争爆发后，袁世凯曾密奏李鸿章:“朝鲜君臣为日人播弄，执迷不悟，每向王前煽动，王亦深被其惑，欲离中国而独立。”此时袁世凯已看出日本对朝鲜的阴谋，于是他建议先下手为强，致电李鸿章:“日本既能废琉球，我又何不可废朝鲜改行省”。袁世凯主张 “我之海陆军尚可日本抗衡，日苟与我起衅，尚左券可操。”
结果正如日本人编撰的《袁世凯》一书指明“出师图韩，一跃而登，真令我日军无从措手。”1884年末，朝鲜爆发“甲申政变”。日本驻朝鲜公使竹添率兵入据王宫，挟持李熙，并逼迫朝鲜断绝与清朝的宗藩关系。袁世凯立马率清军攻入王宫，救出李熙，使竹添被迫出走仁川。日本人对袁“憾之刺骨，百般排陷之”。
1885年袁世凯任驻朝“总理交涉通商大臣”时，伊藤博文要求李鸿章惩办袁世凯，这也是甲午战争之伏笔。甲午战争爆发，袁世凯对日本态度强硬，“大丈夫当效命疆场，安内攘外，岂能雄凝久困笔墨间。”
日俄战争
日俄战争期间，袁世凯虽力主中立，但却表现出对日对立。比如：一艘俄国军舰因机器损坏而驶入“中立”的烟台港，被两艘日本鱼雷艇追击，数名俄国官兵被击落海，该俄国军舰也被日本鱼雷艇拖走。对此袁世凯认为海军总兵萨镇冰对俄舰保护不力，有损“中立”立场，请旨将萨镇冰惩处。
1910年1月，美国支持下，袁世凯提出东北铁路中立计划，引起日本强烈不满。结果，辛亥革命期间，唯有日本反对袁世凯独掌清之大权。比如：1911年11月，袁世凯奉命进京出掌清朝大权时，日本曾派浪人刺杀袁世凯，以防其北上掌权，不过行动最终失败。在袁世凯掌权后，日本《国民新闻》发文：袁掌权后日本对清关系将更坏。
日本反对袁掌权，但又不得不依赖袁而谋取在中国之权益。然而，袁世凯对日之阿谀视若罔闻。比如：南北停战协定、废黯摄政王等这些大事，同英驻华公使协商，而不通知日本。日伊集院公使怒指袁世凯:“对于此种情况，帝国亦不免有遗憾之情。”
一战爆发后，日本看到了宰割中国且能倒袁的大好机会。日本政界元老井上馨主张趁机“确立日本对东洋之利权”。日本黑龙会和日本驻华公使日置益也先后向日本政府建议对中国下手。黑龙会建议与中国订立包含有十条秘密条款的防御同盟。日置益认为一战是“对中国提出要求之良机”。
一战不久，日本借英日同盟之名，向德国宣战，出兵中国山东。袁世凯召开紧急会议，商讨对策。袁问陆军总长段祺瑞：若抵抗日军可维持多长时间，段祺瑞答:四十八小时。袁世凯又问四十八小时以后怎么办？段无语。可看出，袁世凯也考虑到用武力去抵抗日本。但是，如顾维钧所说，“袁世凯深知户国的贫弱”，于是就划定出一块“交战区”让日本与在山东的德军作战，但日本不准在“交战区”以外行动。
袁世凯划定战区，是向日本的妥协与屈从，但也是为了避免中国遭受更大的损失。但日本醉翁之意不在酒，它的目标是整个中国。所以，当袁世凯命令中国外交部于1915年1月7日照会英日两国公使，声明取消“交战区”的时候，日本政府断然拒绝。不久日本就提出了“二十一条”。
如上论述，袁公实非误国者，当为爱国者矣。上天是公平的，袁公离世之时，遭受举国诟病。死后众多文人墓室被毁，袁世凯却得以长眠地下！1952年11月1日，主席路经安阳，河南官员安排先略殷墟，再睹袁林。之后，地方官员补充道：袁林要平掉。不料，最高领袖悠然表示：“不要平嘛，还要保护好，留作反面教材”。
袁公墓葬保存完好，全尸得以保留，如此巧合，不得不说：因祸得福，天佑袁公！